Dieses Ergebnis aus BASE kann Gästen nicht angezeigt werden. Login für vollen Zugriff.

Genomic basis for RNA alterations in cancer

Title:	Genomic basis for RNA alterations in cancer
Authors:	Calabrese C.; Davidson N. R.; Demircioglu D.; Fonseca N. A.; He Y.; Kahles A.; Lehmann K. -V.; Liu F.; Shiraishi Y.; Soulette C. M.; Urban L.; Greger L.; Li S.; Liu D.; Perry M. D.; Xiang Q.; Zhang F.; Zhang J.; Bailey P.; Erkek S.; Hoadley K. A.; Hou Y.; Huska M. R.; Kilpinen H.; Korbel J. O.; Marin M. G.; Markowski J.; Nandi T.; Pan-Hammarstrom Q.; Pedamallu C. S.; Siebert R.; Stark S. G.; Su H.; Tan P.; Waszak S. M.; Yung C.; Zhu S.; Awadalla P.; Creighton C. J.; Meyerson M.; Ouellette B. F. F.; Wu K.; Yang H.; Brazma A.; Brooks A. N.; Goke J.; Ratsch G.; Schwarz R. F.; Stegle O.; Zhang Z.; Amin S. B.; Chateigner A.; Cortes-Ciriano I.; Craft B.; Frenkel-Morgenstern M.; Goldman M.; Khurana E.; Lamaze F. C.; Li C.; Li X.; Liu X.; Nielsen M. M.; Ojesina A. I.; Park P. J.; Pedersen J. S.; Teh B. T.; Wang J.; Xiong H.; Yakneen S.; Ye C.; Zhang X.; Zheng L.; Zhu J.; Aaltonen L. A.; Abascal F.; Abeshouse A.; Aburatani H.; Adams D. J.; Agrawal N.; Ahn K. S.; Ahn S. -M.; Aikata H.; Akbani R.; Akdemir K. C.; Al-Ahmadie H.; Al-Sedairy S. T.; Al-Shahrour F.; Alawi M.; Albert M.; Aldape K.; Alexandrov L. B.; Ally A.; Alsop K.; Alvarez E. G.; Amary F.; Aminou B.; Ammerpohl O.; Anderson M. J.; Ang Y.; Antonello D.; Anur P.; Aparicio S.; Appelbaum E. L.; Arai Y.; Aretz A.; Arihiro K.; Ariizumi S. -I.; Armenia J.; Arnould L.; Asa S.; Assenov Y.; Atwal G.; Aukema S.; Auman J. T.; Aure M. R. R.; Aymerich M.; Bader G. D.; Baez-Ortega A.; Bailey M. H.; Bailey P. J.; Balasundaram M.; Balu S.; Bandopadhayay P.; Banks R. E.; Barbi S.; Barbour A. P.; Barenboim J.; Barnholtz-Sloan J.; Barr H.; Barrera E.; Bartlett J.; Bartolome J.; Bassi C.; Bathe O. F.; Baumhoer D.; Bavi P.; Baylin S. B.; Bazant W.; Beardsmore D.; Beck T. A.; Behjati S.; Behren A.; Niu B.; Bell C.; Beltran S.; Benz C.; Berchuck A.; Bergmann A. K.; Bergstrom E. N.; Berman B. P.; Berney D. M.; Bernhart S. H.; Beroukhim R.; Berrios M.; Bersani S.; Bertl J.; Betancourt M.; Bhandari V.; Bhosle S. G.; Biankin A. V.; Bieg M.; Bigner D.; Binder H.; Birney E.; Birrer M.; Biswas N. K.; Bjerkehagen B.; Bodenheimer T.; Boice L.; Bonizzato G.; De Bono J. S.; Boot A.; Bootwalla M. S.; Borg A.; Borkhardt A.; Boroevich K. A.; Borozan I.; Borst C.; Bosenberg M.; Bosio M.; Boultwood J.; Bourque G.; Boutros P. C.; Bova G. S.; Bowen D. T.; Bowlby R.; Bowtell D. D. L.; Boyault S.; Boyce R.; Boyd J.; Brennan P.; Brewer D. S.; Brinkman A. B.; Bristow R. G.; Broaddus R. R.; Brock J. E.; Brock M.; Broeks A.; Brooks D.; Brors B.; Brunak S.; Bruxner T. J. C.; Bruzos A. L.; Buchanan A.; Buchhalter I.; Buchholz C.; Bullman S.; Burke H.; Burkhardt B.; Burns K. H.; Busanovich J.; Bustamante C. D.; Butler A. P.; Butte A. J.; Byrne N. J.; Borresen-Dale A. -L.; Caesar-Johnson S. J.; Cafferkey A.; Cahill D.; Caldas C.; Calvo F.; Camacho N.; Campbell P. J.; Campo E.; Cantu C.; Cao S.; Carey T. E.; Carlevaro-Fita J.; Carlsen R.; Cataldo I.; Cazzola M.; Cebon J.; Cerfolio R.; Chadwick D. E.; Chakravarty D.; Chalmers D.; Chan C. W. Y.; Chan K.; Chan-Seng-yue M.; Chandan V. S.; Chang D. K.; Chanock S. J.; Chantrill L. A.; Chatterjee N.; Chayama K.; Chen H. -W.; Chen J.; Chen K.; Chen Y.; Chen Z.; Cherniack A. D.; Chien J.; Chiew Y. -E.; Chin S. -F.; Cho J.; Cho S.; Choi J. K.; Choi W.; Chomienne C.; Chong Z.; Choo S. P.; Chou A.; Christ A. N.; Christie E. L.; Chuah E.; Cibulskis C.; Cibulskis K.; Cingarlini S.; Clapham P.; Claviez A.; Cleary S.; Cloonan N.; Cmero M.; Collins C. C.; Connor A. A.; Cooke S. L.; Cooper C. S.; Cope L.; Corbo V.; Cordes M. G.; Cordner S. M.; Covington K.; Cowin P. A.; Craft D.; Cun Y.; Curley E.; Cutcutache I.; Czajka K.; Czerniak B.; Dagg R. A.; Danilova L.; Davi M. V.; Davies H.; Davis I. J.; Davis-Dusenbery B. N.; Dawson K. J.; De La Vega F. M.; De Paoli-Iseppi R.; Defreitas T.; Dei Tos A. P.; Delaneau O.; Demchok J. A.; Demeulemeester J.; Demidov G. M.; Dennis N. M.; Denroche R. E.; Dentro S. C.; Desai N.; Deshpande V.; Deshwar A. G.; Desmedt C.; Deu-Pons J.; Dhalla N.; Dhani N. C.; Dhingra P.; Dhir R.; Dibiase A.; Diamanti K.; Ding L.; Ding S.; Dinh H. Q.; Dirix L.; Doddapaneni H.; Donmez N.; Dow M. T.; Drapkin R.; Drechsel O.; Drews R. M.; Serge S.; Dudderidge T.; Dueso-Barroso A.; Dunford A. J.; Dunn M.; Dursi L. J.; Duthie F. R.; Dutton-Regester K.; Eagles J.; Easton D. F.; Edmonds S.; Edwards P. A.; Edwards S. E.; Eeles R. A.; Ehinger A.; Eils J.; Eils R.; El-Naggar A.; Eldridge M.; Ellrott K.; Escaramis G.; Espiritu S. M. G.; Estivill X.; Etemadmoghadam D.; Eyfjord J. E.; Faltas B. M.; Fan D.; Fan Y.; Faquin W. C.; Farcas C.; Fassan M.; Fatima A.; Favero F.; Fayzullaev N.; Felau I.; Fereday S.; Ferguson M. L.; Ferretti V.; Feuerbach L.; Field M. A.; Fink J. L.; Finocchiaro G.; Fisher C.; Fittall M. W.; Fitzgerald A.; Fitzgerald R. C.; Flanagan A. M.; Fleshner N. E.; Flicek P.; Foekens J. A.; Fong K. M.; Foster C. S.; Fox N. S.; Fraser M.; Frazer S.; Friedman W.; Frigola J.; Fronick C. C.; Fujimoto A.; Fujita M.; Fukayama M.; Fulton L. A.; Fulton R. S.; Furuta M.; Futreal P. A.; Fullgrabe A.; Gabriel S. B.; Gallinger S.; Gambacorti-Passerini C.; Gao J.; Gao S.; Garraway L.; Garred O.; Garrison E.; Garsed D. W.; Gehlenborg N.; Gelpi J. L. L.; George J.; Gerhard D. S.; Gerhauser C.; Gershenwald J. E.; Gerstein M.; Gerstung M.; Getz G.; Ghori M.; Ghossein R.; Giama N. H.; Gibbs R. A.; Gibson B.; Gill A. J.; Gill P.; Giri D. D.; Glodzik D.; Gnanapragasam V. J.; Goebler M. E.; Goldman M. J.; Gomez C.; Gonzalez S.; Gonzalez-Perez A.; Gordenin D. A.; Gossage J.; Gotoh K.; Govindan R.; Grabau D.; Graham J. S.; Grant R. C.; Green A. R.; Green E.; Grehan N.; Grimaldi S.; Grimmond S. M.; Grossman R. L.; Grundhoff A.; Gundem G.; Guo Q.; Gupta M.; Gupta S.; Gut I. G.; Gut M.; Ha G.; Haake A.; Haan D.; Haas S.; Haase K.; Haber J. E.; Habermann N.; Hach F.; Haider S.; Hama N.; Hamdy F. C.; Hamilton A.; Hamilton M. P.; Han L.; Hanna G. B.; Hansmann M.; Haradhvala N. J.; Harismendy O.; Harliwong I.; Harmanci A. O.; Harrington E.; Hasegawa T.; Haussler D.; Hawkins S.; Hayami S.; Hayashi S.; Hayes D. N.; Hayes S. J.; Hayward N. K.; Hazell S.; Heath A. P.; Heath S. C.; Hedley D.; Hegde A. M.; Heiman D. I.; Heinold M. C.; Heins Z.; Heisler L. E.; Hellstrom-Lindberg E.; Helmy M.; Heo S. G.; Hepperla A. J.; Heredia-Genestar J. M.; Herrmann C.; Hersey P.; Hess J. M.; Hilmarsdottir H.; Hinton J.; Hirano S.; Hiraoka N.; Hobolth A.; Hodzic E.; Hoell J. I.; Hoffmann S.; Hofmann O.; Holbrook A.; Holik A. Z.; Hollingsworth M. A.; Holmes O.; Holt R. A.; Hong C.; Hong E. P.; Hong J. H.; Hooijer G. K.; Hornshoj H.; Hosoda F.; Hovestadt V.; Howat W.; Hoyle A. P.; Hruban R. H.; Hu J.; Hu T.; Hua X.; Huang K. -L.; Huang M.; Huang M. N.; Huang V.; Huang Y.; Huber W.; Hudson T. J.; Hummel M.; Hung J. A.; Huntsman D.; Hupp T. R.; Huse J.; Hutter B.; Hutter C. M.; Hubschmann D.; Iacobuzio-Donahue C. A.; Imbusch C. D.; Imielinski M.; Imoto S.; Isaacs W. B.; Isaev K.; Ishikawa S.; Iskar M.; Islam S. M. A.; Ittmann M.; Ivkovic S.; Izarzugaza J. M. G.; Jacquemier J.; Jakrot V.; Jamieson N. B.; Jang G. H.; Jang S. J.; Jayaseelan J. C.; Jayasinghe R.; Jefferys S. R.; Jegalian K.; Jennings J. L.; Jeon S. -H.; Jerman L.; Ji Y.; Jiao W.; Johansson P. A.; Johns A. L.; Johns J.; Johnson R.; Johnson T. A.; Jolly C.; Joly Y.; Jonasson J. G.; Jones C. D.; Jones D. R.; Jones D. T. W.; Jones N.; Jones S. J. M.; Jonkers J.; Ju Y. S.; Juhl H.; Jung J.; Juul M.; Juul R. I.; Juul S.; Jager N.; Kabbe R.; Kahraman A.; Kaiser V. B.; Kakavand H.; Kalimuthu S.; von Kalle C.; Kang K. J.; Karaszi K.; Karlan B.; Karlic R.; Karsch D.; Kasaian K.; Kassahn K. S.; Katai H.; Kato M.; Katoh H.; Kawakami Y.; Kay J. D.; Kazakoff S. H.; Kazanov M. D.; Keays M.; Kebebew E.; Kefford R. F.; Kellis M.; Kench J. G.; Kennedy C. J.; Kerssemakers J. N. A.; Khoo D.; Khoo V.; Khuntikeo N.; Kim H. K.; Kim H. -L.; Kim H. -Y.; Kim H.; Kim J.; Kim J. K.; Kim Y.; King T. A.; Klapper W.; Kleinheinz K.; Klimczak L. J.; Knappskog S.; Kneba M.; Knoppers B. M.; Koh Y.; Komorowski J.; Komura D.; Komura M.; Kong G.; Kool M.; Korchina V.; Korshunov A.; Koscher M.; Koster R.; Kote-Jarai Z.; Koures A.; Kovacevic M.; Kremeyer B.; Kretzmer H.; Kreuz M.; Krishnamurthy S.; Kube D.; Kumar K.; Kumar P.; Kumar S.; Kumar Y.; Kundra R.; Kubler K.; Kuppers R.; Lagergren J.; Lai P. H.; Laird P. W.; Lakhani S. R.; Lalansingh C. M.; Lalonde E.; Lambert A.; Lander E.; Landgraf P.; Landoni L.; Langerod A.; Lanzos A.; Larsimont D.; Larsson E.; Lathrop M.; Lau L. M. S.; Lawerenz C.; Lawlor R. T.; Lawrence M. S.; Lazar A. J.; Lazic A. M.; Le X.; Lee D.; Lee E. A.; Lee H. J.; Lee J. J. -K.; Lee J. -Y.; Lee J.; Lee M. T. M.; Lee-Six H.; Lehrach H.; Lenze D.; Leonard C. R.; Leongamornlert D. A.; Leshchiner I.; Letourneau L.; Letunic I.; Levine D. A.; Lewis L.; Ley T.; Li C. H.; Li H. I.; Li J.; Li L.; Li Y.; Liang H.; Liang S. -B.; Lichter P.; Lin P.; Lin Z.; Linehan W. M.; Lingjaerde O. C.; Liu E. M.; Liu F. -F. F.; Liu J.; Livingstone J.; Livitz D.; Livni N.; Lochovsky L.; Loeffler M.; Long G. V.; Lopez-Guillermo A.; Lou S.; Louis D. N.; Lovat L. B.; Lu Y.; Lu Y. -J.; Luchini C.; Lungu I.; Luo X.; Luxton H. J.; Lynch A. G.; Lype L.; Lopez C.; Lopez-Otin C.; Ma E. Z.; Ma Y.; Macgrogan G.; Macrae S.; Macintyre G.; Madsen T.; Maejima K.; Mafficini A.; Maglinte D. T.; Maitra A.; Majumder P. P.; Malcovati L.; Malikic S.; Malleo G.; Mann G. J.; Mantovani-Loffler L.; Marchal K.; Marchegiani G.; Mardis E. R.; Margolin A. A.; Markowetz F.; Marks J.; Marques-Bonet T.; Marra M. A.; Marsden L.; Martens J. W. M.; Martin S.; Martin-Subero J. I.; Martincorena I.; Martinez-Fundichely A.; Maruvka Y. E.; Mashl R. J.; Massie C. E.; Matthew T. J.; Matthews L.; Mayer E.; Mayes S.; Mayo M.; Mbabaali F.; McCune K.; McDermott U.; McGillivray P. D.; McLellan M. D.; McPherson J. D.; McPherson J. R.; McPherson T. A.; Meier S. R.; Meng A.; Meng S.; Menzies A.; Merrett N. D.; Merson S.; Meyerson W.; Mieczkowski P. A.; Mihaiescu G. L.; Mijalkovic S.; Mikkelsen T.; Milella M.; Mileshkin L.; Miller C. A.; Miller D. K.; Miller J. K.; Mills G. B.; Milovanovic A.; Minner S.; Miotto M.; Arnau G. M.; Mirabello L.; Mitchell C.; Mitchell T. J.; Miyano S.; Miyoshi N.; Mizuno S.; Molnar-Gabor F.; Moore M. J.; Moore R. A.; Morganella S.; Morris Q. D.; Morrison C.; Mose L. E.; Moser C. D.; Muinos F.; Mularoni L.; Mungall A. J.; Mungall K.; Musgrove E. A.; Mustonen V.; Mutch D.; Muyas F.; Muzny D. M.; Munoz A.; Myers J.; Myklebost O.; Moller P.; Nagae G.; Nagrial A. M.; Nahal-Bose H. K.; Nakagama H.; Nakagawa H.; Nakamura H.; Nakamura T.; Nakano K.; Nangalia J.; Nastic M.; Navarro A.; Navarro F. C. P.; Neal D. E.; Nettekoven G.; Newell F.; Newhouse S. J.; Newton Y.; Ng A. W. T.; Ng A.; Nicholson J.; Nicol D.; Nie Y.; Nielsen G. P.; Nik-Zainal S.; Noble M. S.; Nones K.; Northcott P. A.; Notta F.; O'connor B. D.; O'donnell P.; O'donovan M.; O'meara S.; O'neill B. P.; O'neill J. R.; Ocana D.; Ochoa A.; Oesper L.; Ogden C.; Ohdan H.; Ohi K.; Ohno-Machado L.; Oien K. A.; Ojima H.; Okusaka T.; Omberg L.; Ong C. K.; Ossowski S.; Ott G.; P'ng C.; Paczkowska M.; Paiella S.; Pairojkul C.; Pajic M.; Papaemmanuil E.; Papatheodorou I.; Paramasivam N.; Park J. W.; Park J. -W.; Park K.; Parker J. S.; Parsons S. L.; Pass H.; Pasternack D.; Pastore A.; Patch A. -M.; Pauporte I.; Pea A.; Pearson J. V.; Pederzoli P.; Peifer M.; Pennell N. A.; Perou C. M.; Petersen G. M.; Peto M.; Petrelli N.; Petryszak R.; Pfister S. M.; Phillips M.; Pich O.; Pickett H. A.; Pihl T. D.; Pillay N.; Pinder S.; Pinese M.; Pinho A. V.; Pitkanen E.; Pivot X.; Pineiro-Yanez E.; Planko L.; Plass C.; Polak P.; Pons T.; Popescu I.; Potapova O.; Prasad A.; Preston S. R.; Prinz M.; Pritchard A. L.; Prokopec S. D.; Provenzano E.; Puente X. S.; Puig S.; Puiggros M.; Pulido-Tamayo S.; Pupo G. M.; Purdie C. A.; Quinn M. C.; Rabionet R.; Rader J. S.; Radlwimmer B.; Radovic P.; Raeder B.; Raine K. M.; Ramakrishna M.; Ramakrishnan K.; Ramalingam S.; Raphael B. J.; Rathmell W. K.; Rausch T.; Reifenberger G.; Reimand J.; Reis-Filho J.; Reuter V.; Reyes-Salazar I.; Reyna M. A.; Reynolds S. M.; Rheinbay E.; Riazalhosseini Y.; Richardson A. L.; Richter J.; Ringel M.; Ringner M.; Rino Y.; Rippe K.; Roach J.; Roberts L. R.; Roberts N. D.; Roberts S. A.; Robertson A. G.; Robertson A. J.; Rodriguez J. B.; Rodriguez-Martin B.; Rodriguez-Gonzalez F. G.; Roehrl M. H. A.; Rohde M.; Rokutan H.; Romieu G.; Rooman I.; Roques T.; Rosebrock D.; Rosenberg M.; Rosenstiel P. C.; Rosenwald A.; Rowe E. W.; Royo R.; Rozen S. G.; Rubanova Y.; Rubin M. A.; Rubio-Perez C.; Rudneva V. A.; Rusev B. C.; Ruzzenente A.; Sabarinathan R.; Sabelnykova V. Y.; Sadeghi S.; Sahinalp S. C.; Saini N.; Saito-Adachi M.; Saksena G.; Salcedo A.; Salgado R.; Salichos L.; Sallari R.; Saller C.; Salvia R.; Sam M.; Samra J. S.; Sanchez-Vega F.; Sander C.; Sanders G.; Sarin R.; Sarrafi I.; Sasaki-Oku A.; Sauer T.; Sauter G.; Saw R. P. M.; Scardoni M.; Scarlett C. J.; Scarpa A.; Scelo G.; Schadendorf D.; Schein J. E.; Schilhabel M. B.; Schlesner M.; Schlomm T.; Schmidt H. K.; Schramm S. -J.; Schreiber S.; Schultz N.; Schumacher S. E.; Scolyer R. A.; Scott D.; Scully R.; Seethala R.; Segre A. V.; Selander I.; Semple C. A.; Senbabaoglu Y.; Sengupta S.; Sereni E.; Serra S.; Sgroi D. C.; Shackleton M.; Shah N. C.; Shahabi S.; Shang C. A.; Shang P.; Shapira O.; Shelton T.; Shen C.; Shen H.; Shepherd R.; Shi R.; Shi Y.; Shiah Y. -J.; Shibata T.; Shih J.; Shimizu E.; Shimizu K.; Shin S. J.; Shmaya T.; Shmulevich I.; Shorser S. I.; Short C.; Shrestha R.; Shringarpure S. S.; Shriver C.; Shuai S.; Sidiropoulos N.; Sieuwerts A. M.; Sieverling L.; Signoretti S.; Sikora K. O.; Simbolo M.; Simon R.; Simons J. V.; Simpson J. T.; Simpson P. T.; Singer S.; Sinnott-Armstrong N.; Sipahimalani P.; Skelly T. J.; Smid M.; Smith J.; Smith-Mccune K.; Socci N. D.; Sofia H. J.; Soloway M. G.; Song L.; Sood A. K.; Sothi S.; Sotiriou C.; Span P. N.; Spellman P. T.; Sperandio N.; Spillane A. J.; Spiro O.; Spring J.; Staaf J.; Stadler P. F.; Staib P.; Stebbings L.; Stefansson O. A.; Stein L. D.; Stenhouse A.; Stewart C.; Stilgenbauer S.; Stobbe M. D.; Stratton M. R.; Stretch J. R.; Struck A. J.; Stuart J. M.; Stunnenberg H. G.; Su X.; Sun R. X.; Sungalee S.; Susak H.; Suzuki A.; Sweep F.; Szczepanowski M.; Sultmann H.; Yugawa T.; Tam A.; Tamborero D.; Tan B. K. T.; Tan D.; Tanaka H.; Taniguchi H.; Tanskanen T. J.; Tarabichi M.; Tarnuzzer R.; Tarpey P.; Taschuk M. L.; Tatsuno K.; Tavare S.; Taylor D. F.; Taylor-Weiner A.; Teague J. W.; Tembe V.; Temes J.; Thai K.; Thayer S. P.; Thiessen N.; Thomas G.; Thomas S.; Thompson A.; Thompson A. M.; Thompson J. F. F.; Thompson R. H.; Thorne H.; Thorne L. B.; Thorogood A.; Tiao G.; Tijanic N.; Timms L. E.; Tirabosco R.; Tojo M.; Tommasi S.; Toon C. W.; Toprak U. H.; Torrents D.; Tortora G.; Tost J.; Totoki Y.; Townend D.; Traficante N.; Treilleux I.; Trotta J. -R.; Trumper L. H. P.; Tsao M.; Tsunoda T.; Tubio J. M. C.; Tucker O.; Turkington R.; Turner D. J.; Tutt A.; Ueno M.; Ueno N. T.; Umbricht C.; Umer H. M.; Underwood T. J.; Urushidate T.; Ushiku T.; Uuskula-Reimand L.; Valencia A.; Van Den Berg D. J.; Van Laere S.; Van Loo P.; Van Meir E. G.; Van den Eynden G. G.; Van der Kwast T.; Vasudev N.; Vazquez M.; Vedururu R.; Veluvolu U.; Vembu S.; Verbeke L. P. C.; Vermeulen P.; Verrill C.; Viari A.; Vicente D.; Vicentini C.; Vijayraghavan K.; Viksna J.; Vilain R. E.; Villasante I.; Vincent-Salomon A.; Visakorpi T.; Voet D.; Vyas P.; Vazquez-Garcia I.; Waddell N. M.; Waddell N.; Wadelius C.; Wadi L.; Wagener R.; Wala J. A.; Wang L.; Wang Q.; Wang W.; Wang Y.; Wang Z.; Waring P. M.; Warnatz H. -J.; Warrell J.; Warren A. Y.; Wedge D. C.; Weichenhan D.; Weinberger P.; Weinstein J. N.; Weischenfeldt J.; Weisenberger D. J.; Welch I.; Wendl M. C.; Werner J.; Whalley J. P.; Wheeler D. A.; Whitaker H. C.; Wigle D.; Wilkerson M. D.; Williams A.; Wilmott J. S.; Wilson G. W.; Wilson J. M.; Wilson R. K.; Winterhoff B.; Wintersinger J. A.; Wiznerowicz M.; Wolf S.; Wong B. H.; Wong T.; Wong W.; Woo Y.; Wood S.; Wouters B. G.; Wright A. J.; Wright D. W.; Wright M. H.; Wu C. -L.; Wu D. -Y.; Wu G.; Wu J.; Wu Y.; Wu Z.; Xi L.; Xia T.; Xiao X.; Xing R.; Xu Q.; Xu Y.; Xue H.; Yachida S.; Yamaguchi R.; Yamaguchi T. N.; Yamamoto M.; Yamamoto S.; Yamaue H.; Yang F.; Yang J. Y.; Yang L.; Yang S.; Yang T. -P.; Yang Y.; Yao X.; Yaspo M. -L.; Yates L.; Yau C.; Ye K.; Yellapantula V. D.; Yoon C. J.; Yoon S. -S.; Yousif F.; Yu J.; Yu K.; Yu W.; Yu Y.; Yuan K.; Yuan Y.; Yuen D.; Yung C. K.; Zaikova O.; Zamora J.; Zapatka M.; Zenklusen J. C.; Zenz T.; Zeps N.; Zhang C. -Z.; Zhang H.; Zhang Y.; Zhao Z.; Zheng X.; Zhou W.; Zhou Y.; Zhu B.; Zhu H.; Zou L.; Zou X.; Defazio A.; van As N.; van Deurzen C. H. M.; van de Vijver M. J.; Van'T Veer L.; von Mering C.
Contributors:	Calabrese, C.; Davidson, N. R.; Demircioglu, D.; Fonseca, N. A.; He, Y.; Kahles, A.; Lehmann, K. -V.; Liu, F.; Shiraishi, Y.; Soulette, C. M.; Urban, L.; Greger, L.; Li, S.; Liu, D.; Perry, M. D.; Xiang, Q.; Zhang, F.; Zhang, J.; Bailey, P.; Erkek, S.; Hoadley, K. A.; Hou, Y.; Huska, M. R.; Kilpinen, H.; Korbel, J. O.; Marin, M. G.; Markowski, J.; Nandi, T.; Pan-Hammarstrom, Q.; Pedamallu, C. S.; Siebert, R.; Stark, S. G.; Su, H.; Tan, P.; Waszak, S. M.; Yung, C.; Zhu, S.; Awadalla, P.; Creighton, C. J.; Meyerson, M.; Ouellette, B. F. F.; Wu, K.; Yang, H.; Brazma, A.; Brooks, A. N.; Goke, J.; Ratsch, G.; Schwarz, R. F.; Stegle, O.; Zhang, Z.; Amin, S. B.; Chateigner, A.; Cortes-Ciriano, I.; Craft, B.; Frenkel-Morgenstern, M.; Goldman, M.; Khurana, E.; Lamaze, F. C.; Li, C.; Li, X.; Liu, X.; Nielsen, M. M.; Ojesina, A. I.; Park, P. J.; Pedersen, J. S.; Teh, B. T.; Wang, J.; Xiong, H.; Yakneen, S.; Ye, C.; Zhang, X.; Zheng, L.; Zhu, J.; Aaltonen, L. A.; Abascal, F.; Abeshouse, A.; Aburatani, H.; Adams, D. J.; Agrawal, N.; Ahn, K. S.; Ahn, S. -M.; Aikata, H.; Akbani, R.; Akdemir, K. C.; Al-Ahmadie, H.; Al-Sedairy, S. T.; Al-Shahrour, F.; Alawi, M.; Albert, M.; Aldape, K.; Alexandrov, L. B.; Ally, A.; Alsop, K.; Alvarez, E. G.; Amary, F.; Aminou, B.; Ammerpohl, O.; Anderson, M. J.; Ang, Y.
Publisher Information:	Nature Research
Publication Year:	2020
Collection:	Padua Research Archive (IRIS - Università degli Studi di Padova)
Description:	Transcript alterations often result from somatic changes in cancer genomes1. Various forms of RNA alterations have been described in cancer, including overexpression2, altered splicing3 and gene fusions4; however, it is difficult to attribute these to underlying genomic changes owing to heterogeneity among patients and tumour types, and the relatively small cohorts of patients for whom samples have been analysed by both transcriptome and whole-genome sequencing. Here we present, to our knowledge, the most comprehensive catalogue of cancer-associated gene alterations to date, obtained by characterizing tumour transcriptomes from 1,188 donors of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA)5. Using matched whole-genome sequencing data, we associated several categories of RNA alterations with germline and somatic DNA alterations, and identified probable genetic mechanisms. Somatic copy-number alterations were the major drivers of variations in total gene and allele-specific expression. We identified 649 associations of somatic single-nucleotide variants with gene expression in cis, of which 68.4% involved associations with flanking non-coding regions of the gene. We found 1,900 splicing alterations associated with somatic mutations, including the formation of exons within introns in proximity to Alu elements. In addition, 82% of gene fusions were associated with structural variants, including 75 of a new class, termed ‘bridged’ fusions, in which a third genomic location bridges two genes. We observed transcriptomic alteration signatures that differ between cancer types and have associations with variations in DNA mutational signatures. This compendium of RNA alterations in the genomic context provides a rich resource for identifying genes and mechanisms that are functionally implicated in cancer.
Document Type:	article in journal/newspaper
Language:	English
Relation:	info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000529097800012; volume:578; issue:7793; firstpage:129; lastpage:136; numberofpages:8; journal:NATURE; https://hdl.handle.net/11577/3527027
DOI:	10.1038/s41586-020-1970-0
Availability:	https://hdl.handle.net/11577/3527027; https://doi.org/10.1038/s41586-020-1970-0
Rights:	info:eu-repo/semantics/openAccess ; license:Creative commons ; license uri:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Accession Number:	edsbas.189BB4F4
Database:	BASE