| Title: |
Genetic population structure across Brittany and the downstream Loire basin provides new insights on the demographic history of Western Europe |
| Authors: |
Alves, Isabel; Giemza, Joanna; Blum, Michael; Bernhardsson, Carolina; Chatel, Stéphanie; Karakachoff, Matilde; Pierre, Aude Saint; Herzig, Anthony; Olaso, Robert; Monteil, Martial; Gallien, Véronique; Cabot, Elodie; Svensson, Emma; Bacq-Daian, Delphine; Baron, Estelle; Berthellier, Charlotte; Besse, Céline; Blanché, Hélène; Bocher, Ozvan; Boland, Anne; Bonnaud, Stéphanie; Charpentier, Eric; Dandine-Roulland, Claire; Férec, Claude; Fruchet, Christine; Lecointe, Simon; Floch, Edith Le; Ludwig, Thomas; Marenne, Gaëlle; Meyer, Vincent; Quellery, Elisabeth; Racimo, Fernando; Rouault, Karen; Sandron, Florian; Schott, Jean-Jacques; Suarez, Lourdes Velo; Violleau, Jade; Willerslev, Eske; Coativy, Yves; Jézéquel, Mael; Le-Bris, Daniel; Nicolas, Clément; Pailler, Yvan; Goldberg, Marcel; Zins, Marie; Le Marec, Hervé; Jakobsson, Mattias; Darlu, Pierre; Génin, Emmanuelle; Deleuze, Jean-François; Redon, Richard; Dina, Christian |
| Contributors: |
Chimie et Biologie des Membranes et des Nanoobjets (CBMN); Université de Bordeaux (UB)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); ITX-lab unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX-lab); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (Nantes Univ - UFR MEDECINE); Nantes Université - pôle Santé; Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Santé; Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ); Owkin France; Uppsala University; Centre d'investigation clinique (CIC) de Nantes -CIC Plurithématique (CIC 0004 - Nantes); Direction Générale de l'Organisation des Soins (DGOS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM); Institut du Thorax CHU Nantes (CHU Thorax); Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) (GGB); Établissement Français du Sang La Plaine Saint-Denis (EFS)-Université de Brest (UBO EPE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM); Université de Brest (UBO EPE); Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH); Institut de Biologie François JACOB (JACOB); Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); Laboratory of Excellence GENMED Paris (Medical Genomics); Centre de Recherche en Archéologie, Archéosciences, Histoire (CReAAH); Le Mans Université (UM)-Université de Rennes (UR)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC)-Nantes Université - UFR Histoire, Histoire de l'Art et Archéologie (Nantes Univ - UFR HHAA); Nantes Université - pôle Humanités; Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Humanités; Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap); Culture et Environnements, Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age (CEPAM); Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UniCA); Institut national de recherches archéologiques préventives - Centre de recherches archéologiques de Cesson-Sévigné (Inrap, Cesson-Sévigné); Uppsala Universitet Uppsala; Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH); Université Paris Cité (UPCité); Fondation Jean Dausset - Centre d’Études du Polymorphisme Humain (CEPH); Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health (HMGU); Structure fédérative de recherche François Bonamy (Nantes Univ - SFR François Bonamy); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - pôle Santé; Métis Lab EM Normandie; École de Management de Normandie = EM Normandie Business School (EM Normandie); Globe Institute; Faculty of Health and Medical Sciences; Københavns Universitet = University of Copenhagen = Université de Copenhague (UCPH)-Københavns Universitet = University of Copenhagen = Université de Copenhague (UCPH); Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest); Københavns Universitet = University of Copenhagen = Université de Copenhague (UCPH); University of Cambridge Cambridge, UK (CAM); Centre de recherche bretonne et celtique (CRBC Brest); Trajectoires - UMR 8215; Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG); Université de Brest (UBO EPE)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (Nantes Univ - IGARUN); Cohortes épidémiologiques en population (CONSTANCES); Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité); Éco-Anthropologie (EA 7206); Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) |
| Source: |
ISSN: 2692-8205 ; BioRxiv ; https://hal.univ-brest.fr/hal-04045175 ; BioRxiv, 2022, ⟨10.1101/2022.02.03.478491⟩. |
| Publisher Information: |
CCSD; BioRxiv |
| Publication Year: |
2022 |
| Collection: |
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines: HAL-UVSQ |
| Subject Terms: |
[SHS.HIST]Humanities and Social Sciences/History; [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE] |
| Description: |
International audience ; European genetic ancestry originates from three main ancestral populations - Western hunter-gatherers, early European farmers and Yamnaya Eurasian herders - whose edges geographically met in present-day France. Despite its central role to our understanding of how the ancestral populations interacted and gave rise to modern population structure, the population history of France has remained largely understudied. Here, we analysed 856 high-coverage whole-genome sequences along with genome-wide genotyping data of 3,234 present-day individuals from the northern half of France and merged them with publicly available present-day and ancient Europe-wide genotype datasets. We also analysed, for the first time, the whole-genome sequences of six medieval individuals (300-1100 CE) from Western France to gain insights into the genetic impact of what is commonly known as the Migration Period in Europe. We found extensive fine-scale population structure across Brittany and the downstream Loire basin, emphasizing the need for investigating local populations to better understand the distribution of rare and putatively deleterious variants across space. Overall, we observed an increased population differentiation between the northern and southern sides of the river Loire, which are characterised by different proportions of steppe vs. Neolithic-related ancestry. Samples from Western Brittany carry the largest levels of steppe ancestry and show high levels of allele sharing with individuals associated with the Bell Beaker complex, levels that are only comparable with those found in populations lying on the northwestern edges of Europe. Together, our results imply that present-day individuals from Western Brittany retain substantial legacy of the genetic changes that occurred in Northwestern Europe following the arrival of the Bell Beaker people c. 2500 BCE. Such genetic legacy may explain the sharing of disease-related alleles with other present-day populations from Western Britain and Ireland. |
| Document Type: |
article in journal/newspaper |
| Language: |
English |
| Relation: |
BIORXIV: 2022.02.03.478491 |
| DOI: |
10.1101/2022.02.03.478491 |
| Availability: |
https://hal.univ-brest.fr/hal-04045175; https://doi.org/10.1101/2022.02.03.478491 |
| Accession Number: |
edsbas.312606EA |
| Database: |
BASE |