| Title: |
Medical technology for comprehensive DNA analysis in tuberous sclerosis ; Медицинская технология комплексной ДНК-диагностики туберозного склероза |
| Authors: |
K. I. Anoshkin; K. O. Karandasheva; A. S. Tanas; L. A. Bessonova; N. A. Demina; M. S. Petukhova; I. V. Anisimova; D. V. Zaletaev; V. V. Strelnikov; К. И. Аношкин; К. О. Карандашева; А. С. Танас; Л. А. Бессонова; Н. А. Демина; М. С. Петухова; И. В. Анисимова; Д. В. Залетаев; В. В. Стрельников |
| Source: |
Medical Genetics; Том 17, № 8 (2018); 32-37 ; Медицинская генетика; Том 17, № 8 (2018); 32-37 ; 2073-7998 |
| Publisher Information: |
Publishing House «Genius Media» LLC |
| Publication Year: |
2018 |
| Collection: |
Medical Genetics (E-Journal) / Медицинская генетика |
| Subject Terms: |
MLPA; ген TSC1; ген TSC2; медицинская технология; высокопроизводительное параллельное секвенирование ДНК; tuberous sclerosis; TSC1 gene; TSC2 gene; medical technology; NGS |
| Description: |
We performed a comprehensive molecular genetic examination of 76 patients with tuberous sclerosis. For establish molecular diagnosis of the disease, we applied a new medical technology that includes targeted high-throughput parallel DNA sequencing (NGS), multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), and Sanger sequencing. Search for point mutations and small indels in the TSC1 and TSC2 genes was carried out with next generation sequencing on the Ion S5 instrument. In order to filter out sequencing artifacts, to establish pathogenicity of the detected single nucleotide substitutions, and to identify familial cases, Sanger sequencing was performed. To search for extended deletions, the MLPA method was used. In 46% cases mutations have been detected, 70% in the TSC2 gene, and 30% in the TSC1 gene. Overwhelming majority of mutations were detected by NGS (91.9%), and 8.1% were detected by MLPA. ; Проведено комплексное молекулярно-генетическое обследование 76 больных с туберозным склерозом. Для диагностики заболевания использовалась внедренная в практическую деятельность ФГБНУ «МГНЦ» новая медицинская технология, которая включает в себя методы таргетного высокопроизводительного параллельного секвенирования (ВПС), мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA), а также секвенирование ДНК по Сенгеру. Поиск точковых мутаций, а также малых делеций/инсерций в генах TSC1 и TSC2 осуществляли методом ВПС на приборе Ion S5. Для исключения артефактов секвенирования, подтверждения патогенности обнаруженных однонуклеотидных замен и выявления семейных случаев проводили секвенирование по Сенгеру. Для выявления протяженных делеций в генах TSC1 и TSC2 использовали метод MLPA. Патогенные генетические варианты выявлены в 46% случаев, из них 70% - в гене TSC2 , и 30% - в гене TSC1 . Подавляющее большинство мутаций было выявлено методом ВПС - 91,9%; методом MLPA протяженные делеции выявлены в 8,1% информативных образцов. |
| Document Type: |
article in journal/newspaper |
| File Description: |
application/pdf |
| Language: |
Russian |
| Relation: |
https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/523/338; Islam, M.P. and E.S. Roach, Tuberous sclerosis complex. Handb Clin Neurol, 2015. 132: 97-109.; Populo, H., J.M. Lopes, and P. Soares, The mTOR signalling pathway in human cancer. Int J Mol Sci, 2012. 13(2):1886-918.; Huang, J. and B.D. Manning, The TSC1-TSC2 complex: a molecular switchboard controlling cell growth. Biochem J, 2008. 412(2):179-90.; Fokkema, I.F., et al., LOVD v.2.0: the next generation in gene variant databases. Hum Mutat, 2011. 32(5):557-63.; Stenson, P.D., et al., Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update. Hum Mutat, 2003. 21(6):577-81.; Landrum, M.J., et al., ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1):D1062-D1067.; Lek, M., et al., Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature, 2016. 536(7616):285-91.; Wang, K., M. Li, and H. Hakonarson, ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res, 2010. 38(16):e164.; Robinson, J.T., et al., Integrative genomics viewer. Nat Biotechnol, 2011. 29(1):24-6.; Northrup H, K.M., Pearson DA, et al., Tuberous Sclerosis Complex. 2015.; Curatolo, P., et al., Genotype/Phenotype Correlations in Tuberous Sclerosis Complex. Semin Pediatr Neurol, 2015. 22(4):259-73.; Sancak, O., et al., Mutational analysis of the TSC1 and TSC2 genes in a diagnostic setting: genotype-phenotype correlations and comparison of diagnostic DNA techniques in Tuberous Sclerosis Complex. Eur J Hum Genet, 2005. 13(6):731-41.; Tyburczy, M.E., et al., Mosaic and Intronic Mutations in TSC1/TSC2 Explain the Majority of TSC Patients with No Mutation Identified by Conventional Testing. PLoS Genet, 2015. 11(11):e1005637.; Rosset, C., C.B.O. Netto, and P. Ashton-Prolla, TSC1 and TSC2 gene mutations and their implications for treatment in Tuberous Sclerosis Complex: a review. Genet Mol Biol, 2017. 40(1):69-79. |
| DOI: |
10.25557/2073-7998.2018.08.32-37 |
| Availability: |
https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/523; https://doi.org/10.25557/2073-7998.2018.08.32-37 |
| Rights: |
Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). ; Авторы, публикующие статьи в данном журнале, соглашаются на следующее:Авторы сохраняют за собой автороские права и предоставляют журналу право первой публикации работы, которая по истечении 6 месяцев после публикации автоматически лицензируется на условиях Creative Commons Attribution License , которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| Accession Number: |
edsbas.4938ACF6 |
| Database: |
BASE |