| Title: |
The 12 o’clock assay: an optimized dodecaplex droplet digital PCR assay for robust DNA methylation quantification and epigenetic clock-based age-predictions |
| Authors: |
Hchaichi, Ilef; Garali, Imène; Popa, Alina-Madalina; Daunay, Antoine; Tessier, Nicolas, P; Sahbatou, Mourad; Hardy, Lise, M; Rampanou, Aurore; Blanché, Hélène; Zagury, Jean-François; Touvier, Mathilde; Le Buanec, Hélène; Renault, Shufang; Girerd, Nicolas; Deleuze, Jean-François; How-Kit, Alexandre |
| Contributors: |
Fondation Jean Dausset - Centre d’Études du Polymorphisme Humain (CEPH); CEPH; Laboratoire de Radiobiologie des expositions accidentelles (ASNR/PSE-SANTE/SERAMED/LRAcc); Service de recherche en radiobiologie et en médecine régénérative (ASNR/PSE-SANTE/SERAMED); Autorité de Sûreté Nucléaire et de Radioprotection (ASNR)-Autorité de Sûreté Nucléaire et de Radioprotection (ASNR); Institut Curie Paris; CIC1428 IGR-CURIE; Institut Curie Paris -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM); Bioinformatique et Chimie Moléculaire (EA 7528); Conservatoire National des Arts et Métiers Cnam (Cnam); Nutritional Epidemiology Research Team; Conservatoire National des Arts et Métiers Cnam (Cnam)-Université Sorbonne Paris Nord-Centre for Research in Epidemiology and Statistics; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); INSERM, INRAE, CNAM, Centre for Research in Epidemiology and StatisticS (CRESS), Nutritional Epidemiology Research Team (EREN); Université Sorbonne Paris Nord; Université Paris Cité (UPCité); Institut de Recherche Saint Louis (IRSL / U1342); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité); Saint-Louis Research Institute, INSERM U976—HIPI Unit, University of Paris, Paris, France; Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC); Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL); Centre d'investigation clinique plurithématique Pierre Drouin Nancy (CIC-P); Centre d'investigation clinique Nancy (CIC); Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL); Cardiovascular and Renal Clinical Trialists Vandoeuvre-les-Nancy (INI-CRCT); Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu Nancy; French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN Paris (Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT); Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH); Institut de Biologie François JACOB (JACOB); Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); CEA- Saclay (CEA); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); The research was funded by the Agenomics Project AXA mécénat santé – Axe grand âge |
| Source: |
ISSN: 1868-7075. |
| Publisher Information: |
CCSD; BioMed Central |
| Publication Year: |
2026 |
| Subject Terms: |
epigenetic clock; machine-learning; biological age; age-prediction model; ddPCR; DNA methylation; [SDV]Life Sciences [q-bio] |
| Description: |
International audience ; DNA methylation quantification in age-prediction models relies on only a few techniques with inherent limitations and biases, reducing the accuracy and reproducibility. We developed a new droplet digital PCR assay format for accurate DNA methylation quantification, based on three LNA-containing hydrolysis probes to detect methylated and unmethylated alleles. Using a 12-plex assay we simultaneously quantified methylation at six CpGs ( ASPA , C1orf132 , CCDC102B , EDARADD , ELOVL2 , FHL2 ) in 351 blood samples (age range: 0–95 years), showing strong correlations with age (| r| > 0.83). Several age-prediction models were developed, achieving high performance on testing sets ( R 2 : 0.933–0.973, MAE: 3.18–5.18, RMSE: 4.71–7.27). |
| Document Type: |
article in journal/newspaper |
| Language: |
English |
| DOI: |
10.1186/s13148-026-02105-0 |
| Availability: |
https://hal.univ-lorraine.fr/hal-05574638; https://hal.univ-lorraine.fr/hal-05574638v1/document; https://hal.univ-lorraine.fr/hal-05574638v1/file/s13148-026-02105-0_reference.pdf; https://doi.org/10.1186/s13148-026-02105-0 |
| Rights: |
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ; https://hal.science/licences/copyright/ ; info:eu-repo/semantics/OpenAccess |
| Accession Number: |
edsbas.4A52260A |
| Database: |
BASE |