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X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis

Title:	X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis
Authors:	Asselta R.; Paraboschi E. M.; Gerussi A.; Cordell H. J.; Mells G. F.; Sandford R. N.; Jones D. E.; Nakamura M.; Ueno K.; Hitomi Y.; Kawashima M.; Nishida N.; Tokunaga K.; Nagasaki M.; Tanaka A.; Tang R.; Li Z.; Shi Y.; Liu X.; Xiong M.; Hirschfield G.; Siminovitch K. A.; Walker E.; Xie G.; Mason A.; Myers R.; Peltekian K.; Ghent C.; Atkinson E.; Juran B.; Lazaridis K.; Lu Y.; Gu X.; Jing K.; Amos C.; Affronti A.; Brunetto M.; Coco B.; Spinzi G.; Elia G.; Ferrari C.; Lleo A.; Muratori L.; Muratori P.; Portincasa P.; Colli A.; Bruno S.; Colloredo G.; Azzaroli F.; Andreone P.; Bragazzi M.; Alvaro D.; Cardinale V.; Cazzagon N.; Rigamonti C.; Floreani A.; Rosina F.; Ciaccio A.; Cristoferi L.; D'Amato D.; Malinverno F.; Mancuso C.; Massironi S.; Milani C.; O'Donnell S. E.; Ronca V.; Barisani D.; Lampertico P.; Donato F.; Fagiuoli S.; Almasio P. L.; Giannini E.; Cursaro C.; Colombo M.; Valenti L.; Miele L.; Andriulli A.; Niro G. A.; Grattagliano I.; Morini L.; Casella G.; Vinci M.; Battezzati P. M.; Crosignani A.; Zuin M.; Mattalia A.; Calvaruso V.; Colombo S.; Benedetti A.; Marzioni M.; Galli A.; Marra F.; Tarocchi M.; Picciotto A.; Morisco F.; Fabris L.; Croce L. S.; Tiribelli C.; Toniutto P.; Strazzabosco M.; Ch'ng C. L.; Rahman M.; Yapp T.; Sturgess R.; Healey C.; Czajkowski M.; Gunasekera A.; Gyawali P.; Premchand P.; Kapur K.; Marley R.; Foster G.; Watson A.; Dias A.; Subhani J.; Harvey R.; McCorry R.; Ramanaden D.; Gasem J.; Evans R.; Mathialahan T.; Shorrock C.; Lipscomb G.; Southern P.; Tibble J.; Gorard D.; Palegwala A.; Jones S.; Dawwas M.; Alexander G.; Dolwani S.; Prince M.; Foxton M.; Elphick D.; Mitchison H.; Gooding I.; Karmo M.; Saksena S.; Mendall M.; Patel M.; Ede R.; Austin A.; Sayer J.; Hankey L.; Hovell C.; Fisher N.; Carter M.; Koss K.; Piotrowicz A.; Grimley C.; Neal D.; Lim G.; Levi S.; Ala A.; Broad A.; Saeed A.; Wood G.; Brown J.; Wilkinson M.; Gordon H.; Ramage J.; Ridpath J.; Ngatchu T.; Grover B.; Shaukat S.; Shidrawi R.; Abouda G.; Ali F.; Rees I.; Salam I.; Narain M.; Brown A.; Taylor-Robinson S.; Williams S.; Grellier L.; Banim P.; Das D.; Chilton A.; Heneghan M.; Curtis H.; Gess M.; Drake I.; Aldersley M.; Davies M.; Jones R.; McNair A.; Srirajaskanthan R.; Pitcher M.; Sen S.; Bird G.; Barnardo A.; Kitchen P.; Yoong K.; Chirag O.; Sivaramakrishnan N.; MacFaul G.; Jones D.; Shah A.; Evans C.; Saha S.; Pollock K.; Bramley P.; Mukhopadhya A.; Fraser A.; Mills P.; Shallcross C.; Campbell S.; Bathgate A.; Shepherd A.; Dillon J.; Rushbrook S.; Przemioslo R.; Macdonald C.; Metcalf J.; Shmueli U.; Davis A.; Naqvi A.; Lee T.; Ryder S. 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E.; Seldin M. F.; Invernizzi P.
Contributors:	Asselta, R; Paraboschi, E; Gerussi, A; Cordell, H; Mells, G; Sandford, R; Jones, D; Nakamura, M; Ueno, K; Hitomi, Y; Kawashima, M; Nishida, N; Tokunaga, K; Nagasaki, M; Tanaka, A; Tang, R; Li, Z; Shi, Y; Liu, X; Xiong, M; Hirschfield, G; Siminovitch, K; Walker, E; Xie, G; Mason, A; Myers, R; Peltekian, K; Ghent, C; Atkinson, E; Juran, B; Lazaridis, K; Lu, Y; Gu, X; Jing, K; Amos, C; Affronti, A; Brunetto, M; Coco, B; Spinzi, G; Elia, G; Ferrari, C; Lleo, A; Muratori, L; Muratori, P; Portincasa, P; Colli, A; Bruno, S; Colloredo, G; Azzaroli, F; Andreone, P; Bragazzi, M; Alvaro, D; Cardinale, V; Cazzagon, N; Rigamonti, C; Floreani, A; Rosina, F; Ciaccio, A; Cristoferi, L; D'Amato, D; Malinverno, F; Mancuso, C; Massironi, S; Milani, C; O'Donnell, S; Ronca, V; Barisani, D; Lampertico, P; Donato, F; Fagiuoli, S; Almasio, P; Giannini, E; Cursaro, C; Colombo, M; Valenti, L; Miele, L; Andriulli, A; Niro, G; Grattagliano, I; Morini, L; Casella, G; Vinci, M; Battezzati, P; Crosignani, A; Zuin, M; Mattalia, A; Calvaruso, V; Colombo, S; Benedetti, A; Marzioni, M; Galli, A; Marra, F; Tarocchi, M; Picciotto, A; Morisco, F; Fabris, L; Croce, L; Tiribelli, C; Toniutto, P; Strazzabosco, M
Publisher Information:	Elsevier Inc.; US
Publication Year:	2021
Collection:	Università degli Studi di Milano-Bicocca: BOA (Bicocca Open Archive)
Subject Terms:	Meta-analysi; Superenhancer; X-Wide Association Study
Description:	Background & Aims: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. Methods: We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). Results: Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 × 10–4, with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 × 10–6; odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028–1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09–1.26; P = 9.93 × 10–8), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 × 10–9; OR, 1.33; 95% CI, 1.21–1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). Conclusions: This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.
Document Type:	article in journal/newspaper
File Description:	STAMPA
Language:	English
Relation:	info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/33675743; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000697047100009; volume:160; issue:7 (June 2021); firstpage:2483; lastpage:2495; numberofpages:13; journal:GASTROENTEROLOGY; https://hdl.handle.net/10281/352616
DOI:	10.1053/j.gastro.2021.02.061
Availability:	https://hdl.handle.net/10281/352616; https://doi.org/10.1053/j.gastro.2021.02.061
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Accession Number:	edsbas.58524F6C
Database:	BASE