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Diese Masterarbeit war auf die Entwicklung und Anwendung von computergestützten Methoden fokussiert, die es ermöglichen Mutationssignaturen, insbesondere der APOBEC-bezogenen Signaturen SBS2 und SBS13, in MutREAD-Sequenzierungsdaten zu analysieren. Bei der MutREAD-Sequenzierung handelt es sich um eine Sequenzier-Methode, bei der eine Teilmenge des gesamten Genoms entnommen wird, wobei die Vielfalt der abgedeckten genomischen Positionen erhalten bleibt. Diese Methode ist eine kostensparende Alternative zur Sequenzierung des gesamten Genoms, hat aber bisher keine Anwendung in der Mutations Signatur Forschung gefunden. Die wichtigsten technischen Herausforderungen waren das Filtern für behandlungsspezifische Mutationen sowie die Abschätzung des allgemeinen Hintergrundprofils von Mutationen um dafür zu korrigieren. Dafür haben wir einen WGS-Filter entwickelt, der die Ganzgenomsequenzierung des Elternklons nutzt, um Mutationen auszuschließen, welche nicht durch experimentelle Gegebenheiten hervorgerufen wurden. Darüber hinaus führten wir ein Bootstrapping-Verfahren ein, um die Basisprofile für die 96 Mutationskanäle abzuschätzen und zu subtrahieren. Diese Korrektur beseitigte zwar wirksam technische Verzerrungen und bewahrte die erwarteten Mutationssignale, erwies sich jedoch bei Proben mit geringer Mutationszahl als schwierig. Daher bleibt die Notwendigkeit einer Mindestzahl von Mutationen für eine zuverlässige Downstream-Analyse erhalten. Unter Anwendung dieses entwickelten Arbeitsablaufs untersuchten wir die Auswirkungen von UBR4-, UBR5- und HUWE1-E3-Ligase-Knockouts auf die APOBEC-bezogene Signaturaktivität, von denen bekannt ist, dass sie die Apobec A3H-I-Proteinspiegel regulieren. Die Ergebnisse zeigen eine erhöhte APOBEC-bezogene Signaturaktivität in UBR4- und UBR5-Knockout-Zellen im Vergleich zum Kontroll Genotyp. HUWE1-Knockout-Zellen wiesen diesen Anstieg der SBS2- und SBS13-Aktivität nicht auf, was möglicherweise auf eine unbekannte HUWE1-Funktion zurückzuführen ist, die das Wachstum und somit die ... |