| Title: |
Un suivi régionalisé et actualisé des étiages des petits cours d’eau, c’est possible avec R, Hub’Eau et GitHub ! |
| Authors: |
Richard, Benoit; Mondy, Cédric, P; Irz, Pascal; Antonio, Andrade; Nowak, Céline |
| Contributors: |
Office français de la biodiversité (OFB); Société Française de Statistiques |
| Source: |
10èmes Rencontres R; https://hal.science/hal-04613400; 10èmes Rencontres R, Société Française de Statistiques, Jun 2024, Vannes, France |
| Publisher Information: |
CCSD |
| Publication Year: |
2024 |
| Subject Terms: |
Reproductibilité - Visualisation - Data - Eau; [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes; [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology; environment/Ecosystems |
| Subject Geographic: |
Vannes; France |
| Description: |
International audience ; Depuis 2012, l’Observatoire national des étiages (ONDE) porté par l’Office français de la biodiversité(OFB) permet de suivre en période estivale la situation d’écoulement des petits cours d’eau sur le territoire,et contribue à la gestion équilibrée de la ressource en eau lors de situations de crise (e.g. sécheresse). Dansce contexte, la visualisation des données fréquemment actualisées doit être facilitée. Plusieurs directionsrégionales « pilotes » de l’OFB ont initié le développement d’un projet de valorisation régionalisée autourde ces données (https://github.com/richaben/PRR_ONDE). Ce projet s’est construit dans un cadrereproductible et automatisé en capitalisant sur plusieurs outils : la plateforme Hub’Eau pour la diffusion desdonnées via API, le package R hubeau (Dorchies 2022) pour leur récupération, le format Rmarkdown pourla création de rapports, les services GitHub pour les mises à jour périodiques (GH Actions) et le déploiementau format HTML (GH Pages). L’organisation du projet a été pensée pour faciliter son déploiement et sonexploitation sur l’ensemble des régions, sans besoin de compétences fortes en traitement de données.Le développement s’appuie sur un workflow de plusieurs scripts R permettant la récupération desdonnées, leur préparation, la création des visuels et de la page HTML, le tout déposé sur une brancheprincipale d’un dépôt de référence. Les différentes directions régionales peuvent ainsi cloner ce dépôtet personnaliser le fichier de configuration pour adapter le traitement des données à leur territoire.Une seconde branche de déploiement a été mise en place où une GH Action récupère les modificationsdu code de la branche principale. Une autre GH Action y est exécutée régulièrement pourconsulter l’API à l’aide du package hubeau. En cas de nouvelles données disponibles, les scriptssont exécutés dans un conteneur Docker, et la page HTML hébergée sur GH Pages est mise à jour. |
| Document Type: |
conference object |
| Language: |
French |
| Availability: |
https://hal.science/hal-04613400 |
| Accession Number: |
edsbas.98BBCCE5 |
| Database: |
BASE |