| Title: |
Update of the UMD-VHL database: classification of 164 challenging variants based on genotype–phenotype correlation among 605 entries ; Mise à jour de la base de données UMD-VHL : classification de 164 variants difficiles sur la base de la corrélation génotype-phénotype parmi 605 entrées |
| Authors: |
Mougel, Gregory; Mohamed, Amira; Burnichon, Nelly; Giraud, Sophie; Pigny, Pascal; Bressac-de Paillerets, Brigitte; Mirebeau-Prunier, Delphine; Buffet, Alexandre; Savagner, Frédérique; Romanet, Pauline; Arlot-Bonnemains, Yannick; Gardie, Betty; Gimenez-Roqueplo, Anne-Paule; Beroud, Christophe; Richard, Stephane; Barlier, Anne |
| Contributors: |
Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM); CIC - HEGP (CIC 1418); Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou APHP (HEGP); Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité); Hospices Civils de Lyon (HCL); Centre Hospitalier Régional Universitaire CHU Lille (CHRU Lille); Onco-génétique Gustave Roussy; Département de médecine oncologique Gustave Roussy (DMO); Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR); Dynamique des cellules tumorales (TCD); Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay; CHU d'Angers Département Urgences; Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers); Département Immunologie CHU Toulouse; Institut Fédératif de Biologie (IFB); Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie CHU Toulouse; Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse); Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR); Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique); École Pratique des Hautes Études (EPHE); Université Paris Sciences et Lettres (PSL); ITX-lab unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX-lab); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (Nantes Univ - UFR MEDECINE); Nantes Université - pôle Santé; Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Santé; Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ); Intégrité du génome et cancers (IGC); Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); All phases of this study were supported by grants from the Institut National de lute contre le Cancer (INCa) and the French Ministry of Health. |
| Source: |
ISSN: 0022-2593. |
| Publisher Information: |
CCSD; BMJ Publishing Group |
| Publication Year: |
2024 |
| Subject Terms: |
von Hippel-Lindau (VHL); hereditary tumour syndrome; VHL variants; diagnosis; [SDV]Life Sciences [q-bio] |
| Description: |
International audience ; Background The von Hippel-Lindau (VHL) disease is a hereditary tumour syndrome caused by germline mutations in VHL tumour suppressor gene. The identification of VHL variants requires accurate classification which has an impact on patient management and genetic counselling. Methods The TENGEN (French oncogenetics network of neuroendocrine tumors) and PREDIR (French National Cancer Institute network for Inherited predispositions to kidney cancer) networks have collected VHL genetic variants and clinical characteristics of all VHL-suspected patients analysed from 2003 to 2021 by one of the nine laboratories performing VHL genetic testing in France. Identified variants were registered in a locusspecific database, the Universal Mutation Database-VHL database (http://www.umd.be/VHL/). Results Here we report the expert classification of 164 variants, including all missense variants (n=124), all difficult interpretation variants (n=40) and their associated phenotypes. After initial American College of Medical Genetics classification, first-round classification was performed by the VHL expert group followed by a second round for discordant and ambiguous cases. Overall, the VHL experts modified the classification of 87 variants including 30 variants of uncertain significance that were as (likely)pathogenic variants for 19, and as likely benign for 11. Conclusion Consequently, this work has allowed the diagnosis and influenced the genetic counselling of 45 VHL-suspected families and can benefit to the worldwide VHL community, through this review. ; La maladie de von Hippel-Lindau (VHL) est un syndrome tumoral héréditaire causé par des mutations germinales du gène suppresseur de tumeur VHL. L'identification des variants VHL nécessite une classification précise qui a un impact sur la prise en charge des patients et le conseil génétique. Méthodes: Les réseaux TENGEN (Réseau français d'oncogénétique des tumeurs neuroendocrines) et PREDIR (Réseau de prédispositions héréditaires au cancer du rein de ... |
| Document Type: |
article in journal/newspaper |
| Language: |
English |
| Relation: |
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37979962; PUBMED: 37979962 |
| DOI: |
10.1136/jmg-2023-109550 |
| Availability: |
https://hal.science/hal-04302654; https://hal.science/hal-04302654v1/document; https://hal.science/hal-04302654v1/file/2023-Genetique.pdf; https://doi.org/10.1136/jmg-2023-109550 |
| Rights: |
https://about.hal.science/hal-authorisation-v1/ ; info:eu-repo/semantics/OpenAccess |
| Accession Number: |
edsbas.A4C940E5 |
| Database: |
BASE |