Dieses Ergebnis aus BASE kann Gästen nicht angezeigt werden. Login für vollen Zugriff.

Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes

Title:	Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes
Authors:	Reyna M. A.; Haan D.; Paczkowska M.; Verbeke L. P. C.; Vazquez M.; Kahraman A.; Pulido-Tamayo S.; Barenboim J.; Wadi L.; Dhingra P.; Shrestha R.; Getz G.; Lawrence M. S.; Pedersen J. S.; Rubin M. A.; Wheeler D. A.; Brunak S.; Izarzugaza J. M. G.; Khurana E.; Marchal K.; von Mering C.; Sahinalp S. C.; Valencia A.; Abascal F.; Amin S. B.; Bader G. D.; Bandopadhayay P.; Beroukhim R.; Bertl J.; Boroevich K. A.; Busanovich J.; Campbell P. J.; Carlevaro-Fita J.; Chakravarty D.; Chan C. W. Y.; Chen K.; Choi J. K.; Deu-Pons J.; Diamanti K.; Feuerbach L.; Fink J. L.; Fonseca N. A.; Frigola J.; Gambacorti-Passerini C.; Garsed D. W.; Gerstein M.; Guo Q.; Gut I. G.; Hamilton M. P.; Haradhvala N. J.; Harmanci A. O.; Helmy M.; Herrmann C.; Hess J. M.; Hobolth A.; Hodzic E.; Hong C.; Hornshoj H.; Isaev K.; Johnson R.; Johnson T. A.; Juul M.; Juul R. I.; Kahles A.; Kellis M.; Kim J.; Kim J. K.; Kim Y.; Komorowski J.; Korbel J. O.; Kumar S.; Lanzos A.; Larsson E.; Lee D.; Lehmann K. -V.; Li S.; Li X.; Lin Z.; Liu E. M.; Lochovsky L.; Lou S.; Madsen T.; Martincorena I.; Martinez-Fundichely A.; Maruvka Y. E.; McGillivray P. D.; Meyerson W.; Muinos F.; Mularoni L.; Nakagawa H.; Nielsen M. M.; Park K.; Pons T.; Reyes-Salazar I.; Rheinbay E.; Rubio-Perez C.; Saksena G.; Salichos L.; Sander C.; Schumacher S. E.; Shackleton M.; Shapira O.; Shen C.; Shuai S.; Sidiropoulos N.; Sieverling L.; Sinnott-Armstrong N.; Stein L. D.; Tamborero D.; Tiao G.; Tsunoda T.; Umer H. M.; Uuskula-Reimand L.; Wadelius C.; Wang J.; Warrell J.; Waszak S. M.; Weischenfeldt J.; Wu G.; Yu J.; Zhang J.; Zhang X.; Zhang Y.; Zhao Z.; Zou L.; Reimand J.; Stuart J. M.; Raphael B. J.; Aaltonen L. A.; Abeshouse A.; Aburatani H.; Adams D. J.; Agrawal N.; Ahn K. S.; Ahn S. -M.; Aikata H.; Akbani R.; Akdemir K. C.; Al-Ahmadie H.; Al-Sedairy S. T.; Al-Shahrour F.; Alawi M.; Albert M.; Aldape K.; Alexandrov L. B.; Ally A.; Alsop K.; Alvarez E. G.; Amary F.; Aminou B.; Ammerpohl O.; Anderson M. J.; Ang Y.; Antonello D.; Anur P.; Aparicio S.; Appelbaum E. L.; Arai Y.; Aretz A.; Arihiro K.; Ariizumi S. -I.; Armenia J.; Arnould L.; Asa S.; Assenov Y.; Atwal G.; Aukema S.; Auman J. T.; Aure M. R. R.; Awadalla P.; Aymerich M.; Baez-Ortega A.; Bailey M. H.; Bailey P. J.; Balasundaram M.; Balu S.; Banks R. E.; Barbi S.; Barbour A. P.; Barnholtz-Sloan J.; Barr H.; Barrera E.; Bartlett J.; Bartolome J.; Bassi C.; Bathe O. F.; Baumhoer D.; Bavi P.; Baylin S. B.; Bazant W.; Beardsmore D.; Beck T. A.; Behjati S.; Behren A.; Niu B.; Bell C.; Beltran S.; Benz C.; Berchuck A.; Bergmann A. K.; Bergstrom E. N.; Berman B. P.; Berney D. M.; Bernhart S. H.; Berrios M.; Bersani S.; Betancourt M.; Bhandari V.; Bhosle S. G.; Biankin A. V.; Bieg M.; Bigner D.; Binder H.; Birney E.; Birrer M.; Biswas N. K.; Bjerkehagen B.; Bodenheimer T.; Boice L.; Bonizzato G.; De Bono J. S.; Boot A.; Bootwalla M. S.; Borg A.; Borkhardt A.; Borozan I.; Borst C.; Bosenberg M.; Bosio M.; Boultwood J.; Bourque G.; Boutros P. C.; Bova G. S.; Bowen D. T.; Bowlby R.; Bowtell D. D. L.; Boyault S.; Boyce R.; Boyd J.; Brazma A.; Brennan P.; Brewer D. S.; Brinkman A. B.; Bristow R. G.; Broaddus R. R.; Brock J. E.; Brock M.; Broeks A.; Brooks A. N.; Brooks D.; Brors B.; Bruxner T. J. C.; Bruzos A. L.; Buchanan A.; Buchhalter I.; Buchholz C.; Bullman S.; Burke H.; Burkhardt B.; Burns K. H.; Bustamante C. D.; Butler A. P.; Butte A. J.; Byrne N. J.; Borresen-Dale A. -L.; Caesar-Johnson S. J.; Cafferkey A.; Cahill D.; Calabrese C.; Caldas C.; Calvo F.; Camacho N.; Campo E.; Cantu C.; Cao S.; Carey T. E.; Carlsen R.; Cataldo I.; Cazzola M.; Cebon J.; Cerfolio R.; Chadwick D. E.; Chalmers D.; Chan K.; Chan-Seng-Yue M.; Chandan V. S.; Chang D. K.; Chanock S. J.; Chantrill L. A.; Chateigner A.; Chatterjee N.; Chayama K.; Chen H. -W.; Chen J.; Chen Y.; Chen Z.; Cherniack A. D.; Chien J.; Chiew Y. -E.; Chin S. -F.; Cho J.; Cho S.; Choi W.; Chomienne C.; Chong Z.; Choo S. P.; Chou A.; Christ A. N.; Christie E. L.; Chuah E.; Cibulskis C.; Cibulskis K.; Cingarlini S.; Clapham P.; Claviez A.; Cleary S.; Cloonan N.; Cmero M.; Collins C. C.; Connor A. A.; Cooke S. L.; Cooper C. S.; Cope L.; Corbo V.; Cordes M. G.; Cordner S. M.; Cortes-Ciriano I.; Covington K.; Cowin P. A.; Craft B.; Craft D.; Creighton C. J.; Cun Y.; Curley E.; Cutcutache I.; Czajka K.; Czerniak B.; Dagg R. A.; Danilova L.; Davi M. V.; Davidson N. R.; Davies H.; Davis I. J.; Davis-Dusenbery B. N.; Dawson K. J.; De La Vega F. M.; De Paoli-Iseppi R.; Defreitas T.; Tos A. P. D.; Delaneau O.; Demchok J. A.; Demeulemeester J.; Demidov G. M.; Demircioglu D.; Dennis N. M.; Denroche R. E.; Dentro S. C.; Desai N.; Deshpande V.; Deshwar A. G.; Desmedt C.; Dhalla N.; Dhani N. C.; Dhir R.; DiBiase A.; Ding L.; Ding S.; Dinh H. Q.; Dirix L.; Doddapaneni H. V.; Donmez N.; Dow M. T.; Drapkin R.; Drechsel O.; Drews R. M.; Serge S.; Dudderidge T.; Dueso-Barroso A.; Dunford A. J.; Dunn M.; Dursi L. J.; Duthie F. R.; Dutton-Regester K.; Eagles J.; Easton D. F.; Edmonds S.; Edwards P. A.; Edwards S. E.; Eeles R. A.; Ehinger A.; Eils J.; Eils R.; El-Naggar A.; Eldridge M.; Ellrott K.; Erkek S.; Escaramis G.; Espiritu S. M. G.; Estivill X.; Etemadmoghadam D.; Eyfjord J. E.; Faltas B. M.; Fan D.; Fan Y.; Faquin W. C.; Farcas C.; Fassan M.; Fatima A.; Favero F.; Fayzullaev N.; Felau I.; Fereday S.; Ferguson M. L.; Ferretti V.; Field M. A.; Finocchiaro G.; Fisher C.; Fittall M. W.; Fitzgerald A.; Fitzgerald R. C.; Flanagan A. M.; Fleshner N. E.; Flicek P.; Foekens J. A.; Fong K. M.; Foster C. S.; Fox N. S.; Fraser M.; Frazer S.; Frenkel-Morgenstern M.; Friedman W.; Fronick C. C.; Fujimoto A.; Fujita M.; Fukayama M.; Fulton L. A.; Fulton R. S.; Furuta M.; Futreal P. A.; Fullgrabe A.; Gabriel S. B.; Gallinger S.; Gao J.; Gao S.; Garraway L.; Garred O.; Garrison E.; Gehlenborg N.; Gelpi J. L. L.; George J.; Gerhard D. S.; Gerhauser C.; Gershenwald J. E.; Gerstung M.; Ghori M.; Ghossein R.; Giama N. H.; Gibbs R. A.; Gibson B.; Gill A. J.; Gill P.; Giri D. D.; Glodzik D.; Gnanapragasam V. J.; Goebler M. E.; Goldman M. J.; Gomez C.; Gonzalez S.; Gonzalez-Perez A.; Gordenin D. A.; Gossage J.; Gotoh K.; Govindan R.; Grabau D.; Graham J. S.; Grant R. C.; Green A. R.; Green E.; Greger L.; Grehan N.; Grimaldi S.; Grimmond S. M.; Grossman R. L.; Grundhoff A.; Gundem G.; Gupta M.; Gupta S.; Gut M.; Goke J.; Ha G.; Haake A.; Haas S.; Haase K.; Haber J. E.; Habermann N.; Hach F.; Haider S.; Hama N.; Hamdy F. C.; Hamilton A.; Han L.; Hanna G. B.; Hansmann M.; Harismendy O.; Harliwong I.; Harrington E.; Hasegawa T.; Haussler D.; Hawkins S.; Hayami S.; Hayashi S.; Hayes D. N.; Hayes S. J.; Hayward N. K.; Hazell S.; He Y.; Heath A. P.; Heath S. C.; Hedley D.; Hegde A. M.; Heiman D. I.; Heinold M. C.; Heins Z.; Heisler L. E.; Hellstrom-Lindberg E.; Heo S. G.; Hepperla A. J.; Heredia-Genestar J. M.; Hersey P.; Hilmarsdottir H.; Hinton J.; Hirano S.; Hiraoka N.; Hoadley K. A.; Hoell J. I.; Hoffmann S.; Hofmann O.; Holbrook A.; Holik A. Z.; Hollingsworth M. A.; Holmes O.; Holt R. A.; Hong E. P.; Hong J. H.; Hooijer G. K.; Hosoda F.; Hou Y.; Hovestadt V.; Howat W.; Hoyle A. P.; Hruban R. H.; Hu J.; Hu T.; Hua X.; Huang K. -L.; Huang M.; Huang M. N.; Huang V.; Huang Y.; Huber W.; Hudson T. J.; Hummel M.; Hung J. A.; Huntsman D.; Hupp T. R.; Huse J.; Huska M. R.; Hutter B.; Hutter C. M.; Hubschmann D.; Iacobuzio-Donahue C. A.; Imbusch C. D.; Imielinski M.; Imoto S.; Isaacs W. B.; Ishikawa S.; Iskar M.; Islam S. M. A.; Ittmann M.; Ivkovic S.; Jacquemier J.; Jakrot V.; Jamieson N. B.; Jang G. H.; Jang S. J.; Jayaseelan J. C.; Jayasinghe R.; Jefferys S. R.; Jegalian K.; Jennings J. L.; Jeon S. -H.; Jerman L.; Ji Y.; Jiao W.; Johansson P. A.; Johns A. L.; Johns J.; Jolly C.; Joly Y.; Jonasson J. G.; Jones C. D.; Jones D. R.; Jones D. T. W.; Jones N.; Jones S. J. M.; Jonkers J.; Ju Y. S.; Juhl H.; Jung J.; Juul S.; Jager N.; Kabbe R.; Kaiser V. B.; Kakavand H.; Kalimuthu S.; von Kalle C.; Kang K. J.; Karaszi K.; Karlan B.; Karlic R.; Karsch D.; Kasaian K.; Kassahn K. S.; Katai H.; Kato M.; Katoh H.; Kawakami Y.; Kay J. D.; Kazakoff S. H.; Kazanov M. D.; Keays M.; Kebebew E.; Kefford R. F.; Kench J. G.; Kennedy C. J.; Kerssemakers J. N. A.; Khoo D.; Khoo V.; Khuntikeo N.; Kilpinen H.; Kim H. K.; Kim H. -L.; Kim H. -Y.; Kim H.; King T. A.; Klapper W.; Kleinheinz K.; Klimczak L. J.; Knappskog S.; Kneba M.; Knoppers B. M.; Koh Y.; Jan Komorowski; Komura D.; Komura M.; Kong G.; Kool M.; Korchina V.; Korshunov A.; Koscher M.; Koster R.; Kote-Jarai Z.; Koures A.; Kovacevic M.; Kremeyer B.; Kretzmer H.; Kreuz M.; Krishnamurthy S.; Kube D.; Kumar K.; Kumar P.; Kumar Y.; Kundra R.; Kubler K.; Kuppers R.; Lagergren J.; Lai P. H.; Laird P. W.; Lakhani S. R.; Lalansingh C. M.; Lalonde E.; Lamaze F. C.; Lambert A.; Lander E.; Landgraf P.; Landoni L.; Langerod A.; Larsimont D.; Lathrop M.; Lau L. M. S.; Lawerenz C.; Lawlor R. T.; Lazar A. J.; Lazic A. M.; Le X.; Lee E. A.; Lee H. J.; Lee J. J. -K.; Lee J. -Y.; Lee J.; Lee M. T. M.; Lee-Six H.; Lehrach H.; Lenze D.; Leonard C. R.; Leongamornlert D. A.; Leshchiner I.; Letourneau L.; Letunic I.; Levine D. A.; Lewis L.; Ley T.; Li C.; Li C. H.; Li H. I.; Li J.; Li L.; Li Y.; Liang H.; Liang S. -B.; Lichter P.; Lin P.; Linehan W. M.; Lingjaerde O. C.; Liu D.; Liu F. -F. F.; Liu F.; Liu J.; Liu X.; Livingstone J.; Livitz D.; Livni N.; Loeffler M.; Long G. V.; Lopez-Guillermo A.; Louis D. N.; Lovat L. B.; Lu Y.; Lu Y. -J.; Luchini C.; Lungu I.; Luo X.; Luxton H. J.; Lynch A. G.; Lype L.; Lopez C.; Lopez-Otin C.; Ma E. Z.; Ma Y.; MacGrogan G.; MacRae S.; Macintyre G.; Maejima K.; Mafficini A.; Maglinte D. T.; Maitra A.; Majumder P. P.; Malcovati L.; Malikic S.; Malleo G.; Mann G. J.; Mantovani-Loffler L.; Marchegiani G.; Mardis E. R.; Margolin A. A.; Marin M. G.; Markowetz F.; Markowski J.; Marks J.; Marques-Bonet T.; Marra M. A.; Marsden L.; Martens J. W. M.; Martin S.; Martin-Subero J. I.; Mashl R. J.; Massie C. E.; Matthew T. J.; Matthews L.; Mayer E.; Mayes S.; Mayo M.; Mbabaali F.; McCune K.; McDermott U.; McLellan M. D.; McPherson J. D.; McPherson J. R.; McPherson T. A.; Meier S. R.; Meng A.; Meng S.; Menzies A.; Merrett N. D.; Merson S.; Meyerson M.; Mieczkowski P. A.; Mihaiescu G. L.; Mijalkovic S.; Mikkelsen T.; Milella M.; Mileshkin L.; Miller C. A.; Miller D. K.; Miller J. K.; Mills G. B.; Milovanovic A.; Minner S.; Miotto M.; Arnau G. M.; Mirabello L.; Mitchell C.; Mitchell T. J.; Miyano S.; Miyoshi N.; Mizuno S.; Molnar-Gabor F.; Moore M. J.; Moore R. A.; Morganella S.; Morris Q. D.; Morrison C.; Mose L. E.; Moser C. D.; Mungall A. J.; Mungall K.; Musgrove E. A.; Mustonen V.; Mutch D.; Muyas F.; Muzny D. M.; Munoz A.; Myers J.; Myklebost O.; Moller P.; Nagae G.; Nagrial A. M.; Nahal-Bose H. K.; Nakagama H.; Nakamura H.; Nakamura T.; Nakano K.; Nandi T.; Nangalia J.; Nastic M.; Navarro A.; Navarro F. C. P.; Neal D. E.; Nettekoven G.; Newell F.; Newhouse S. J.; Newton Y.; Ng A. W. T.; Ng A.; Nicholson J.; Nicol D.; Nie Y.; Nielsen G. P.; Nik-Zainal S.; Noble M. S.; Nones K.; Northcott P. A.; Notta F.; O'Connor B. D.; O'Donnell P.; O'Donovan M.; O'Meara S.; O'Neill B. P.; O'Neill J. R.; Ocana D.; Ochoa A.; Oesper L.; Ogden C.; Ohdan H.; Ohi K.; Ohno-Machado L.; Oien K. A.; Ojesina A. I.; Ojima H.; Okusaka T.; Omberg L.; Ong C. K.; Ossowski S.; Ott G.; Ouellette B. F. F.; P'ng C.; Paiella S.; Pairojkul C.; Pajic M.; Pan-Hammarstrom Q.; Papaemmanuil E.; Papatheodorou I.; Paramasivam N.; Park J. W.; Park J. -W.; Park P. J.; Parker J. S.; Parsons S. L.; Pass H.; Pasternack D.; Pastore A.; Patch A. -M.; Pauporte I.; Pea A.; Pearson J. V.; Pedamallu C. S.; Pederzoli P.; Peifer M.; Pennell N. A.; Perou C. M.; Perry M. D.; Petersen G. M.; Peto M.; Petrelli N.; Petryszak R.; Pfister S. M.; Phillips M.; Pich O.; Pickett H. A.; Pihl T. D.; Pillay N.; Pinder S.; Pinese M.; Pinho A. V.; Pitkanen E.; Pivot X.; Pineiro-Yanez E.; Planko L.; Plass C.; Polak P.; Popescu I.; Potapova O.; Prasad A.; Preston S. R.; Prinz M.; Pritchard A. L.; Prokopec S. D.; Provenzano E.; Puente X. S.; Puig S.; Puiggros M.; Pupo G. M.; Purdie C. A.; Quinn M. C.; Rabionet R.; Rader J. S.; Radlwimmer B.; Radovic P.; Raeder B.; Raine K. M.; Ramakrishna M.; Ramakrishnan K.; Ramalingam S.; Rathmell W. K.; Rausch T.; Reifenberger G.; Reis-Filho J.; Reuter V.; Reynolds S. M.; Riazalhosseini Y.; Richardson A. L.; Richter J.; Ringel M.; Ringner M.; Rino Y.; Rippe K.; Roach J.; Roberts L. R.; Roberts N. D.; Roberts S. A.; Robertson A. G.; Robertson A. J.; Rodriguez J. B.; Rodriguez-Martin B.; Rodriguez-Gonzalez F. G.; Roehrl M. H. A.; Rohde M.; Rokutan H.; Romieu G.; Rooman I.; Roques T.; Rosebrock D.; Rosenberg M.; Rosenstiel P. C.; Rosenwald A.; Rowe E. W.; Royo R.; Rozen S. G.; Rubanova Y.; Rudneva V. A.; Rusev B. C.; Ruzzenente A.; Ratsch G.; Sabarinathan R.; Sabelnykova V. Y.; Sadeghi S.; Saini N.; Saito-Adachi M.; Salcedo A.; Salgado R.; Sallari R.; Saller C.; Salvia R.; Sam M.; Samra J. S.; Sanchez-Vega F.; Sanders G.; Sarin R.; Sarrafi I.; Sasaki-Oku A.; Sauer T.; Sauter G.; Saw R. P. M.; Scardoni M.; Scarlett C. J.; Scarpa A.; Scelo G.; Schadendorf D.; Schein J. E.; Schilhabel M. B.; Schlesner M.; Schlomm T.; Schmidt H. K.; Schramm S. -J.; Schreiber S.; Schultz N.; Schwarz R. F.; Scolyer R. A.; Scott D.; Scully R.; Seethala R.; Segre A. V.; Selander I.; Semple C. A.; Senbabaoglu Y.; Sengupta S.; Sereni E.; Serra S.; Sgroi D. C.; Shah N. C.; Shahabi S.; Shang C. A.; Shang P.; Shelton T.; Shen H.; Shepherd R.; Shi R.; Shi Y.; Shiah Y. -J.; Shibata T.; Shih J.; Shimizu E.; Shimizu K.; Shin S. J.; Shiraishi Y.; Shmaya T.; Shmulevich I.; Shorser S. I.; Short C.; Shringarpure S. S.; Shriver C.; Siebert R.; Sieuwerts A. M.; Signoretti S.; Sikora K. O.; Simbolo M.; Simon R.; Simons J. V.; Simpson J. T.; Simpson P. T.; Singer S.; Sipahimalani P.; Skelly T. J.; Smid M.; Smith J.; Smith-McCune K.; Socci N. D.; Sofia H. J.; Soloway M. G.; Song L.; Sood A. K.; Sothi S.; Sotiriou C.; Soulette C. M.; Span P. N.; Spellman P. T.; Sperandio N.; Spillane A. J.; Spiro O.; Spring J.; Staaf J.; Stadler P. F.; Staib P.; Stark S. G.; Stebbings L.; Stefansson O. A.; Stegle O.; Stenhouse A.; Stewart C.; Stilgenbauer S.; Stobbe M. D.; Stratton M. R.; Stretch J. R.; Struck A. J.; Stunnenberg H. G.; Su H.; Su X.; Sun R. X.; Sungalee S.; Susak H.; Suzuki A.; Sweep F.; Szczepanowski M.; Sultmann H.; Yugawa T.; Tam A.; Tan B. K. T.; Tan D.; Tan P.; Tanaka H.; Taniguchi H.; Tanskanen T. J.; Tarabichi M.; Tarnuzzer R.; Tarpey P.; Taschuk M. L.; Tatsuno K.; Tavare S.; Taylor D. F.; Taylor-Weiner A.; Teague J. W.; Teh B. T.; Tembe V.; Temes J.; Thai K.; Thayer S. P.; Thiessen N.; Thomas G.; Thomas S.; Thompson A.; Thompson A. M.; Thompson J. F. F.; Thompson R. H.; Thorne H.; Thorne L. B.; Thorogood A.; Tijanic N.; Timms L. E.; Tirabosco R.; Tojo M.; Tommasi S.; Toon C. W.; Toprak U. H.; Torrents D.; Tortora G.; Tost J.; Totoki Y.; Townend D.; Traficante N.; Treilleux I.; Trotta J. -R.; Trumper L. H. P.; Tsao M.; Tubio J. M. C.; Tucker O.; Turkington R.; Turner D. J.; Tutt A.; Ueno M.; Ueno N. T.; Umbricht C.; Underwood T. J.; Urban L.; Urushidate T.; Ushiku T.; Van Den Berg D. J.; Van Laere S.; Van Loo P.; Van Meir E. G.; Van den Eynden G. G.; Van der Kwast T.; Vasudev N.; Vedururu R.; Veluvolu U.; Vembu S.; Vermeulen P.; Verrill C.; Viari A.; Vicente D.; Vicentini C.; VijayRaghavan K.; Viksna J.; Vilain R. E.; Villasante I.; Vincent-Salomon A.; Visakorpi T.; Voet D.; Vyas P.; Vazquez-Garcia I.; Waddell N. M.; Waddell N.; Wagener R.; Wala J. A.; Wang L.; Wang Q.; Wang W.; Wang Y.; Wang Z.; Waring P. M.; Warnatz H. -J.; Warren A. Y.; Wedge D. C.; Weichenhan D.; Weinberger P.; Weinstein J. N.; Weisenberger D. J.; Welch I.; Wendl M. C.; Werner J.; Whalley J. P.; Whitaker H. C.; Wigle D.; Wilkerson M. D.; Williams A.; Wilmott J. S.; Wilson G. W.; Wilson J. M.; Wilson R. K.; Winterhoff B.; Wintersinger J. A.; Wiznerowicz M.; Wolf S.; Wong B. H.; Wong T.; Wong W.; Woo Y.; Wood S.; Wouters B. G.; Wright A. J.; Wright D. W.; Wright M. H.; Wu C. -L.; Wu D. -Y.; Wu J.; Wu K.; Wu Y.; Wu Z.; Xi L.; Xia T.; Xiang Q.; Xiao X.; Xing R.; Xiong H.; Xu Q.; Xu Y.; Xue H.; Yachida S.; Yakneen S.; Yamaguchi R.; Yamaguchi T. N.; Yamamoto M.; Yamamoto S.; Yamaue H.; Yang F.; Yang H.; Yang J. Y.; Yang L.; Yang S.; Yang T. -P.; Yang Y.; Yao X.; Yaspo M. -L.; Yates L.; Yau C.; Ye C.; Ye K.; Yellapantula V. D.; Yoon C. J.; Yoon S. -S.; Yousif F.; Yu K.; Yu W.; Yu Y.; Yuan K.; Yuan Y.; Yuen D.; Yung C. K.; Zaikova O.; Zamora J.; Zapatka M.; Zenklusen J. C.; Zenz T.; Zeps N.; Zhang C. -Z.; Zhang F.; Zhang H.; Zhang Z.; Zheng L.; Zheng X.; Zhou W.; Zhou Y.; Zhu B.; Zhu H.; Zhu J.; Zhu S.; Zou X.; deFazio A.; van As N.; van Deurzen C. H. M.; van de Vijver M. J.; van't Veer L.
Contributors:	Reyna, M. A.; Haan, D.; Paczkowska, M.; Verbeke, L. P. C.; Vazquez, M.; Kahraman, A.; Pulido-Tamayo, S.; Barenboim, J.; Wadi, L.; Dhingra, P.; Shrestha, R.; Getz, G.; Lawrence, M. S.; Pedersen, J. S.; Rubin, M. A.; Wheeler, D. A.; Brunak, S.; Izarzugaza, J. M. G.; Khurana, E.; Marchal, K.; von Mering, C.; Sahinalp, S. C.; Valencia, A.; Abascal, F.; Amin, S. B.; Bader, G. D.; Bandopadhayay, P.; Beroukhim, R.; Bertl, J.; Boroevich, K. A.; Busanovich, J.; Campbell, P. J.; Carlevaro-Fita, J.; Chakravarty, D.; Chan, C. W. Y.; Chen, K.; Choi, J. K.; Deu-Pons, J.; Diamanti, K.; Feuerbach, L.; Fink, J. L.; Fonseca, N. A.; Frigola, J.; Gambacorti-Passerini, C.; Garsed, D. W.; Gerstein, M.; Guo, Q.; Gut, I. G.; Hamilton, M. P.; Haradhvala, N. J.; Harmanci, A. O.; Helmy, M.; Herrmann, C.; Hess, J. M.; Hobolth, A.; Hodzic, E.; Hong, C.; Hornshoj, H.; Isaev, K.; Johnson, R.; Johnson, T. A.; Juul, M.; Juul, R. I.; Kahles, A.; Kellis, M.; Kim, J.; Kim, J. K.; Kim, Y.; Komorowski, J.; Korbel, J. O.; Kumar, S.; Lanzos, A.; Larsson, E.; Lee, D.; Lehmann, K. -V.; Li, S.; Li, X.; Lin, Z.; Liu, E. M.; Lochovsky, L.; Lou, S.; Madsen, T.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Maruvka, Y. E.; Mcgillivray, P. D.; Meyerson, W.; Muinos, F.; Mularoni, L.; Nakagawa, H.; Nielsen, M. M.; Park, K.; Pons, T.; Reyes-Salazar, I.; Rheinbay, E.; Rubio-Perez, C.; Saksena, G.; Salichos, L.; Sander, C.
Publisher Information:	Nature Research
Publication Year:	2020
Collection:	Padua Research Archive (IRIS - Università degli Studi di Padova)
Description:	The catalog of cancer driver mutations in protein-coding genes has greatly expanded in the past decade. However, non-coding cancer driver mutations are less well-characterized and only a handful of recurrent non-coding mutations, most notably TERT promoter mutations, have been reported. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2658 cancer across 38 tumor types, we perform multi-faceted pathway and network analyses of non-coding mutations across 2583 whole cancer genomes from 27 tumor types compiled by the ICGC/TCGA PCAWG project that was motivated by the success of pathway and network analyses in prioritizing rare mutations in protein-coding genes. While few non-coding genomic elements are recurrently mutated in this cohort, we identify 93 genes harboring non-coding mutations that cluster into several modules of interacting proteins. Among these are promoter mutations associated with reduced mRNA expression in TP53, TLE4, and TCF4. We find that biological processes had variable proportions of coding and non-coding mutations, with chromatin remodeling and proliferation pathways altered primarily by coding mutations, while developmental pathways, including Wnt and Notch, altered by both coding and non-coding mutations. RNA splicing is primarily altered by non-coding mutations in this cohort, and samples containing non-coding mutations in well-known RNA splicing factors exhibit similar gene expression signatures as samples with coding mutations in these genes. These analyses contribute a new repertoire of possible cancer genes and mechanisms that are altered by non-coding mutations and offer insights into additional cancer vulnerabilities that can be investigated for potential therapeutic treatments.
Document Type:	article in journal/newspaper
Language:	English
Relation:	info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000513499700011; volume:11; issue:1; journal:NATURE COMMUNICATIONS; https://hdl.handle.net/11577/3504541
DOI:	10.1038/s41467-020-14367-0
Availability:	https://hdl.handle.net/11577/3504541; https://doi.org/10.1038/s41467-020-14367-0
Rights:	info:eu-repo/semantics/openAccess ; license:Creative commons ; license uri:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Accession Number:	edsbas.C91C8822
Database:	BASE