Dieses Ergebnis aus BASE kann Gästen nicht angezeigt werden. Login für vollen Zugriff.

High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations

Title:	High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations
Authors:	Zhang Y.; Chen F.; Fonseca N. A.; He Y.; Fujita M.; Nakagawa H.; Zhang Z.; Brazma A.; Amin S. B.; Awadalla P.; Bailey P. J.; Brooks A. N.; Calabrese C.; Chateigner A.; Cortes-Ciriano I.; Craft B.; Craft D.; Creighton C. J.; Davidson N. R.; Demircioglu D.; Erkek S.; Frenkel-Morgenstern M.; Goldman M. J.; Greger L.; Goke J.; Hoadley K. A.; Hou Y.; Huska M. R.; Kahles A.; Khurana E.; Kilpinen H.; Korbel J. O.; Lamaze F. C.; Lehmann K. -V.; Li C.; Li S.; Li X.; Liu D.; Liu F.; Liu X.; Marin M. G.; Markowski J.; Meyerson M.; Nandi T.; Nielsen M. M.; Ojesina A. I.; Ouellette B. F. F.; Pan-Hammarstrom Q.; Park P. J.; Pedamallu C. S.; Pedersen J. S.; Perry M. D.; Ratsch G.; Schwarz R. F.; Shiraishi Y.; Siebert R.; Soulette C. M.; Stark S. G.; Stegle O.; Su H.; Tan P.; Teh B. T.; Urban L.; Wang J.; Waszak S. M.; Wu K.; Xiang Q.; Xiong H.; Yakneen S.; Yang H.; Ye C.; Yung C. K.; Zhang F.; Zhang J.; Zhang X.; Zheng L.; Zhu J.; Zhu S.; Akdemir K. C.; Alvarez E. G.; Baez-Ortega A.; Beroukhim R.; Boutros P. C.; Bowtell D. D. L.; Brors B.; Burns K. H.; Campbell P. J.; Chan K.; Chen K.; Dueso-Barroso A.; Dunford A. J.; Edwards P. A.; Estivill X.; Etemadmoghadam D.; Feuerbach L.; Fink J. L.; Garsed D. W.; Gerstein M.; Gordenin D. A.; Haan D.; Haber J. E.; Hess J. M.; Hutter B.; Imielinski M.; Jones D. T. W.; Ju Y. S.; Kazanov M. D.; Klimczak L. J.; Koh Y.; Kumar K.; Lee E. A.; Lee J. J. -K.; Li Y.; Lynch A. G.; Macintyre G.; Markowetz F.; Martincorena I.; Martinez-Fundichely A.; Miyano S.; Navarro F. C. P.; Ossowski S.; Pearson J. V.; Puiggros M.; Rippe K.; Roberts N. D.; Roberts S. A.; Rodriguez-Martin B.; Schumacher S. E.; Scully R.; Shackleton M.; Sidiropoulos N.; Sieverling L.; Stewart C.; Torrents D.; Tubio J. M. C.; Villasante I.; Waddell N.; Wala J. A.; Weischenfeldt J.; Yang L.; Yao X.; Yoon S. -S.; Zamora J.; Zhang C. -Z.; Aaltonen L. A.; Abascal F.; Abeshouse A.; Aburatani H.; Adams D. J.; Agrawal N.; Ahn K. S.; Ahn S. -M.; Aikata H.; Akbani R.; Al-Ahmadie H.; Al-Sedairy S. T.; Al-Shahrour F.; Alawi M.; Albert M.; Aldape K.; Alexandrov L. B.; Ally A.; Alsop K.; Amary F.; Aminou B.; Ammerpohl O.; Anderson M. J.; Ang Y.; Antonello D.; Anur P.; Aparicio S.; Appelbaum E. L.; Arai Y.; Aretz A.; Arihiro K.; Ariizumi S. -I.; Armenia J.; Arnould L.; Asa S.; Assenov Y.; Atwal G.; Aukema S.; Auman J. T.; Aure M. R. R.; Aymerich M.; Bader G. D.; Bailey M. H.; Balasundaram M.; Balu S.; Bandopadhayay P.; Banks R. E.; Barbi S.; Barbour A. P.; Barenboim J.; Barnholtz-Sloan J.; Barr H.; Barrera E.; Bartlett J.; Bartolome J.; Bassi C.; Bathe O. F.; Baumhoer D.; Bavi P.; Baylin S. B.; Bazant W.; Beardsmore D.; Beck T. A.; Behjati S.; Behren A.; Niu B.; Bell C.; Beltran S.; Benz C.; Berchuck A.; Bergmann A. K.; Bergstrom E. N.; Berman B. P.; Berney D. M.; Bernhart S. H.; Berrios M.; Bersani S.; Bertl J.; Betancourt M.; Bhandari V.; Bhosle S. G.; Biankin A. V.; Bieg M.; Bigner D.; Binder H.; Birney E.; Birrer M.; Biswas N. K.; Bjerkehagen B.; Bodenheimer T.; Boice L.; Bonizzato G.; De Bono J. S.; Boot A.; Bootwalla M. S.; Borg A.; Borkhardt A.; Boroevich K. A.; Borozan I.; Borst C.; Bosenberg M.; Bosio M.; Boultwood J.; Bourque G.; Bova G. S.; Bowen D. T.; Bowlby R.; Boyault S.; Boyce R.; Boyd J.; Brennan P.; Brewer D. S.; Brinkman A. B.; Bristow R. G.; Broaddus R. R.; Brock J. E.; Brock M.; Broeks A.; Brooks D.; Brunak S.; Bruxner T. J. C.; Bruzos A. L.; Buchanan A.; Buchhalter I.; Buchholz C.; Bullman S.; Burke H.; Burkhardt B.; Busanovich J.; Bustamante C. D.; Butler A. P.; Butte A. J.; Byrne N. J.; Borresen-Dale A. -L.; Caesar-Johnson S. J.; Cafferkey A.; Cahill D.; Caldas C.; Calvo F.; Camacho N.; Campo E.; Cantu C.; Cao S.; Carey T. E.; Carlevaro-Fita J.; Carlsen R.; Cataldo I.; Cazzola M.; Cebon J.; Cerfolio R.; Chadwick D. E.; Chakravarty D.; Chalmers D.; Chan C. W. Y.; Chan-Seng-Yue M.; Chandan V. S.; Chang D. K.; Chanock S. J.; Chantrill L. A.; Chatterjee N.; Chayama K.; Chen H. -W.; Chen J.; Chen Y.; Chen Z.; Cherniack A. D.; Chien J.; Chiew Y. -E.; Chin S. -F.; Cho J.; Cho S.; Choi J. K.; Choi W.; Chomienne C.; Chong Z.; Choo S. P.; Chou A.; Christ A. N.; Christie E. L.; Chuah E.; Cibulskis C.; Cibulskis K.; Cingarlini S.; Clapham P.; Claviez A.; Cleary S.; Cloonan N.; Cmero M.; Collins C. C.; Connor A. A.; Cooke S. L.; Cooper C. S.; Cope L.; Corbo V.; Cordes M. G.; Cordner S. M.; Covington K.; Cowin P. A.; Cun Y.; Curley E.; Cutcutache I.; Czajka K.; Czerniak B.; Dagg R. A.; Danilova L.; Davi M. V.; Davies H.; Davis I. J.; Davis-Dusenbery B. N.; Dawson K. J.; De La Vega F. M.; De Paoli-Iseppi R.; Defreitas T.; Tos A. P. D.; Delaneau O.; Demchok J. A.; Demeulemeester J.; Demidov G. M.; Dennis N. M.; Denroche R. E.; Dentro S. C.; Desai N.; Deshpande V.; Deshwar A. G.; Desmedt C.; Deu-Pons J.; Dhalla N.; Dhani N. C.; Dhingra P.; Dhir R.; DiBiase A.; Diamanti K.; Ding L.; Ding S.; Dinh H. Q.; Dirix L.; Doddapaneni H. V.; Donmez N.; Dow M. T.; Drapkin R.; Drechsel O.; Drews R. M.; Serge S.; Dudderidge T.; Dunn M.; Dursi L. J.; Duthie F. R.; Dutton-Regester K.; Eagles J.; Easton D. F.; Edmonds S.; Edwards S. E.; Eeles R. A.; Ehinger A.; Eils J.; Eils R.; El-Naggar A.; Eldridge M.; Ellrott K.; Escaramis G.; Espiritu S. M. G.; Eyfjord J. E.; Faltas B. M.; Fan D.; Fan Y.; Faquin W. C.; Farcas C.; Fassan M.; Fatima A.; Favero F.; Fayzullaev N.; Felau I.; Fereday S.; Ferguson M. L.; Ferretti V.; Field M. A.; Finocchiaro G.; Fisher C.; Fittall M. W.; Fitzgerald A.; Fitzgerald R. C.; Flanagan A. M.; Fleshner N. E.; Flicek P.; Foekens J. A.; Fong K. M.; Foster C. S.; Fox N. S.; Fraser M.; Frazer S.; Friedman W.; Frigola J.; Fronick C. C.; Fujimoto A.; Fukayama M.; Fulton L. A.; Fulton R. S.; Furuta M.; Futreal P. A.; Fullgrabe A.; Gabriel S. B.; Gallinger S.; Gambacorti-Passerini C.; Gao J.; Gao S.; Garraway L.; Garred O.; Garrison E.; Gehlenborg N.; Gelpi J. L. L.; George J.; Gerhard D. S.; Gerhauser C.; Gershenwald J. E.; Gerstung M.; Getz G.; Ghori M.; Ghossein R.; Giama N. H.; Gibbs R. A.; Gibson B.; Gill A. J.; Gill P.; Giri D. D.; Glodzik D.; Gnanapragasam V. J.; Goebler M. E.; Gomez C.; Gonzalez S.; Gonzalez-Perez A.; Gossage J.; Gotoh K.; Govindan R.; Grabau D.; Graham J. S.; Grant R. C.; Green A. R.; Green E.; Grehan N.; Grimaldi S.; Grimmond S. M.; Grossman R. L.; Grundhoff A.; Gundem G.; Guo Q.; Gupta M.; Gupta S.; Gut I. G.; Gut M.; Ha G.; Haake A.; Haas S.; Haase K.; Habermann N.; Hach F.; Haider S.; Hama N.; Hamdy F. C.; Hamilton A.; Hamilton M. P.; Han L.; Hanna G. B.; Hansmann M.; Haradhvala N. J.; Harismendy O.; Harliwong I.; Harmanci A. O.; Harrington E.; Hasegawa T.; Haussler D.; Hawkins S.; Hayami S.; Hayashi S.; Hayes D. N.; Hayes S. J.; Hayward N. K.; Hazell S.; Heath A. P.; Heath S. C.; Hedley D.; Hegde A. M.; Heiman D. I.; Heinold M. C.; Heins Z.; Heisler L. E.; Hellstrom-Lindberg E.; Helmy M.; Heo S. G.; Hepperla A. J.; Heredia-Genestar J. M.; Herrmann C.; Hersey P.; Hilmarsdottir H.; Hinton J.; Hirano S.; Hiraoka N.; Hobolth A.; Hodzic E.; Hoell J. I.; Hoffmann S.; Hofmann O.; Holbrook A.; Holik A. Z.; Hollingsworth M. A.; Holmes O.; Holt R. A.; Hong C.; Hong E. P.; Hong J. H.; Hooijer G. K.; Hornshoj H.; Hosoda F.; Hovestadt V.; Howat W.; Hoyle A. P.; Hruban R. H.; Hu J.; Hu T.; Hua X.; Huang K. -L.; Huang M.; Huang M. N.; Huang V.; Huang Y.; Huber W.; Hudson T. J.; Hummel M.; Hung J. A.; Huntsman D.; Hupp T. R.; Huse J.; Hutter C. M.; Hubschmann D.; Iacobuzio-Donahue C. A.; Imbusch C. D.; Imoto S.; Isaacs W. B.; Isaev K.; Ishikawa S.; Iskar M.; Islam S. M. A.; Ittmann M.; Ivkovic S.; Izarzugaza J. M. G.; Jacquemier J.; Jakrot V.; Jamieson N. B.; Jang G. H.; Jang S. J.; Jayaseelan J. C.; Jayasinghe R.; Jefferys S. R.; Jegalian K.; Jennings J. L.; Jeon S. -H.; Jerman L.; Ji Y.; Jiao W.; Johansson P. A.; Johns A. L.; Johns J.; Johnson R.; Johnson T. A.; Jolly C.; Joly Y.; Jonasson J. G.; Jones C. D.; Jones D. R.; Jones N.; Jones S. J. M.; Jonkers J.; Juhl H.; Jung J.; Juul M.; Juul R. I.; Juul S.; Jager N.; Kabbe R.; Kahraman A.; Kaiser V. B.; Kakavand H.; Kalimuthu S.; von Kalle C.; Kang K. J.; Karaszi K.; Karlan B.; Karlic R.; Karsch D.; Kasaian K.; Kassahn K. S.; Katai H.; Kato M.; Katoh H.; Kawakami Y.; Kay J. D.; Kazakoff S. H.; Keays M.; Kebebew E.; Kefford R. F.; Kellis M.; Kench J. G.; Kennedy C. J.; Kerssemakers J. N. A.; Khoo D.; Khoo V.; Khuntikeo N.; Kim H. K.; Kim H. -L.; Kim H. -Y.; Kim H.; Kim J.; Kim J. K.; Kim Y.; King T. A.; Klapper W.; Kleinheinz K.; Knappskog S.; Kneba M.; Knoppers B. M.; Jan Komorowski; Komura D.; Komura M.; Kong G.; Kool M.; Korchina V.; Korshunov A.; Koscher M.; Koster R.; Kote-Jarai Z.; Koures A.; Kovacevic M.; Kremeyer B.; Kretzmer H.; Kreuz M.; Krishnamurthy S.; Kube D.; Kumar P.; Kumar S.; Kumar Y.; Kundra R.; Kubler K.; Kuppers R.; Lagergren J.; Lai P. H.; Laird P. W.; Lakhani S. R.; Lalansingh C. M.; Lalonde E.; Lambert A.; Lander E.; Landgraf P.; Landoni L.; Langerod A.; Lanzos A.; Larsimont D.; Larsson E.; Lathrop M.; Lau L. M. S.; Lawerenz C.; Lawlor R. T.; Lawrence M. S.; Lazar A. J.; Lazic A. M.; Le X.; Lee D.; Lee H. J.; Lee J. -Y.; Lee J.; Lee M. T. M.; Lee-Six H.; Lehrach H.; Lenze D.; Leonard C. R.; Leongamornlert D. A.; Leshchiner I.; Letourneau L.; Letunic I.; Levine D. A.; Lewis L.; Ley T.; Li C. H.; Li H. I.; Li J.; Li L.; Liang H.; Liang S. -B.; Lichter P.; Lin P.; Lin Z.; Linehan W. M.; Lingjaerde O. C.; Liu E. M.; Liu F. -F. F.; Liu J.; Livingstone J.; Livitz D.; Livni N.; Lochovsky L.; Loeffler M.; Long G. V.; Lopez-Guillermo A.; Lou S.; Louis D. N.; Lovat L. B.; Lu Y.; Lu Y. -J.; Luchini C.; Lungu I.; Luo X.; Luxton H. J.; Lype L.; Lopez C.; Lopez-Otin C.; Ma E. Z.; Ma Y.; MacGrogan G.; MacRae S.; Madsen T.; Maejima K.; Mafficini A.; Maglinte D. T.; Maitra A.; Majumder P. P.; Malcovati L.; Malikic S.; Malleo G.; Mann G. J.; Mantovani-Loffler L.; Marchal K.; Marchegiani G.; Mardis E. R.; Margolin A. A.; Marks J.; Marques-Bonet T.; Marra M. A.; Marsden L.; Martens J. W. M.; Martin S.; Martin-Subero J. I.; Maruvka Y. E.; Mashl R. J.; Massie C. E.; Matthew T. J.; Matthews L.; Mayer E.; Mayes S.; Mayo M.; Mbabaali F.; McCune K.; McDermott U.; McGillivray P. D.; McLellan M. D.; McPherson J. D.; McPherson J. R.; McPherson T. A.; Meier S. R.; Meng A.; Meng S.; Menzies A.; Merrett N. D.; Merson S.; Mieczkowski P. A.; Mihaiescu G. L.; Mijalkovic S.; Mikkelsen T.; Milella M.; Mileshkin L.; Miller C. A.; Miller D. K.; Miller J. K.; Mills G. B.; Milovanovic A.; Minner S.; Miotto M.; Arnau G. M.; Mirabello L.; Mitchell C.; Mitchell T. J.; Miyoshi N.; Mizuno S.; Molnar-Gabor F.; Moore M. J.; Moore R. A.; Morganella S.; Morris Q. D.; Morrison C.; Mose L. E.; Moser C. D.; Muinos F.; Mularoni L.; Mungall A. J.; Mungall K.; Musgrove E. A.; Mustonen V.; Mutch D.; Muyas F.; Muzny D. M.; Munoz A.; Myers J.; Myklebost O.; Moller P.; Nagae G.; Nagrial A. M.; Nahal-Bose H. K.; Nakagama H.; Nakamura H.; Nakamura T.; Nakano K.; Nangalia J.; Nastic M.; Navarro A.; Neal D. E.; Nettekoven G.; Newell F.; Newhouse S. J.; Newton Y.; Ng A. W. T.; Ng A.; Nicholson J.; Nicol D.; Nie Y.; Nielsen G. P.; Nik-Zainal S.; Noble M. S.; Nones K.; Northcott P. A.; Notta F.; O'Connor B. D.; O'Donnell P.; O'Donovan M.; O'Meara S.; O'Neill B. P.; O'Neill J. R.; Ocana D.; Ochoa A.; Oesper L.; Ogden C.; Ohdan H.; Ohi K.; Ohno-Machado L.; Oien K. A.; Ojima H.; Okusaka T.; Omberg L.; Ong C. K.; Ott G.; P'ng C.; Paczkowska M.; Paiella S.; Pairojkul C.; Pajic M.; Papaemmanuil E.; Papatheodorou I.; Paramasivam N.; Park J. W.; Park J. -W.; Park K.; Parker J. S.; Parsons S. L.; Pass H.; Pasternack D.; Pastore A.; Patch A. -M.; Pauporte I.; Pea A.; Pederzoli P.; Peifer M.; Pennell N. A.; Perou C. M.; Petersen G. M.; Peto M.; Petrelli N.; Petryszak R.; Pfister S. M.; Phillips M.; Pich O.; Pickett H. A.; Pihl T. D.; Pillay N.; Pinder S.; Pinese M.; Pinho A. V.; Pitkanen E.; Pivot X.; Pineiro-Yanez E.; Planko L.; Plass C.; Polak P.; Pons T.; Popescu I.; Potapova O.; Prasad A.; Preston S. R.; Prinz M.; Pritchard A. L.; Prokopec S. D.; Provenzano E.; Puente X. S.; Puig S.; Pulido-Tamayo S.; Pupo G. M.; Purdie C. A.; Quinn M. C.; Rabionet R.; Rader J. S.; Radlwimmer B.; Radovic P.; Raeder B.; Raine K. M.; Ramakrishna M.; Ramakrishnan K.; Ramalingam S.; Raphael B. J.; Rathmell W. K.; Rausch T.; Reifenberger G.; Reimand J.; Reis-Filho J.; Reuter V.; Reyes-Salazar I.; Reyna M. A.; Reynolds S. M.; Rheinbay E.; Riazalhosseini Y.; Richardson A. L.; Richter J.; Ringel M.; Ringner M.; Rino Y.; Roach J.; Roberts L. R.; Robertson A. G.; Robertson A. J.; Rodriguez J. B.; Rodriguez-Gonzalez F. G.; Roehrl M. H. A.; Rohde M.; Rokutan H.; Romieu G.; Rooman I.; Roques T.; Rosebrock D.; Rosenberg M.; Rosenstiel P. C.; Rosenwald A.; Rowe E. W.; Royo R.; Rozen S. G.; Rubanova Y.; Rubin M. A.; Rubio-Perez C.; Rudneva V. A.; Rusev B. C.; Ruzzenente A.; Sabarinathan R.; Sabelnykova V. Y.; Sadeghi S.; Sahinalp S. C.; Saini N.; Saito-Adachi M.; Saksena G.; Salcedo A.; Salgado R.; Salichos L.; Sallari R.; Saller C.; Salvia R.; Sam M.; Samra J. S.; Sanchez-Vega F.; Sander C.; Sanders G.; Sarin R.; Sarrafi I.; Sasaki-Oku A.; Sauer T.; Sauter G.; Saw R. P. M.; Scardoni M.; Scarlett C. J.; Scarpa A.; Scelo G.; Schadendorf D.; Schein J. E.; Schilhabel M. B.; Schlesner M.; Schlomm T.; Schmidt H. K.; Schramm S. -J.; Schreiber S.; Schultz N.; Scolyer R. A.; Scott D.; Seethala R.; Segre A. V.; Selander I.; Semple C. A.; Senbabaoglu Y.; Sengupta S.; Sereni E.; Serra S.; Sgroi D. C.; Shah N. C.; Shahabi S.; Shang C. A.; Shang P.; Shapira O.; Shelton T.; Shen C.; Shen H.; Shepherd R.; Shi R.; Shi Y.; Shiah Y. -J.; Shibata T.; Shih J.; Shimizu E.; Shimizu K.; Shin S. J.; Shmaya T.; Shmulevich I.; Shorser S. I.; Short C.; Shrestha R.; Shringarpure S. S.; Shriver C.; Shuai S.; Sieuwerts A. M.; Signoretti S.; Sikora K. O.; Simbolo M.; Simon R.; Simons J. V.; Simpson J. T.; Simpson P. T.; Singer S.; Sinnott-Armstrong N.; Sipahimalani P.; Skelly T. J.; Smid M.; Smith J.; Smith-McCune K.; Socci N. D.; Sofia H. J.; Soloway M. G.; Song L.; Sood A. K.; Sothi S.; Sotiriou C.; Span P. N.; Spellman P. T.; Sperandio N.; Spillane A. J.; Spiro O.; Spring J.; Staaf J.; Stadler P. F.; Staib P.; Stebbings L.; Stefansson O. A.; Stein L. D.; Stenhouse A.; Stilgenbauer S.; Stobbe M. D.; Stratton M. R.; Stretch J. R.; Struck A. J.; Stuart J. M.; Stunnenberg H. G.; Su X.; Sun R. X.; Sungalee S.; Susak H.; Suzuki A.; Sweep F.; Szczepanowski M.; Sultmann H.; Yugawa T.; Tam A.; Tamborero D.; Tan B. K. T.; Tan D.; Tanaka H.; Taniguchi H.; Tanskanen T. J.; Tarabichi M.; Tarnuzzer R.; Tarpey P.; Taschuk M. L.; Tatsuno K.; Tavare S.; Taylor D. F.; Taylor-Weiner A.; Teague J. W.; Tembe V.; Temes J.; Thai K.; Thayer S. P.; Thiessen N.; Thomas G.; Thomas S.; Thompson A.; Thompson A. M.; Thompson J. F. F.; Thompson R. H.; Thorne H.; Thorne L. B.; Thorogood A.; Tiao G.; Tijanic N.; Timms L. E.; Tirabosco R.; Tojo M.; Tommasi S.; Toon C. W.; Toprak U. H.; Tortora G.; Tost J.; Totoki Y.; Townend D.; Traficante N.; Treilleux I.; Trotta J. -R.; Trumper L. H. P.; Tsao M.; Tsunoda T.; Tucker O.; Turkington R.; Turner D. J.; Tutt A.; Ueno M.; Ueno N. T.; Umbricht C.; Umer H. M.; Underwood T. J.; Urushidate T.; Ushiku T.; Uuskula-Reimand L.; Valencia A.; Van Den Berg D. J.; Van Laere S.; Van Loo P.; Van Meir E. G.; Van den Eynden G. G.; Van der Kwast T.; Vasudev N.; Vazquez M.; Vedururu R.; Veluvolu U.; Vembu S.; Verbeke L. P. C.; Vermeulen P.; Verrill C.; Viari A.; Vicente D.; Vicentini C.; VijayRaghavan K.; Viksna J.; Vilain R. E.; Vincent-Salomon A.; Visakorpi T.; Voet D.; Vyas P.; Vazquez-Garcia I.; Waddell N. M.; Wadelius C.; Wadi L.; Wagener R.; Wang L.; Wang Q.; Wang W.; Wang Y.; Wang Z.; Waring P. M.; Warnatz H. -J.; Warrell J.; Warren A. Y.; Wedge D. C.; Weichenhan D.; Weinberger P.; Weinstein J. N.; Weisenberger D. J.; Welch I.; Wendl M. C.; Werner J.; Whalley J. P.; Wheeler D. A.; Whitaker H. C.; Wigle D.; Wilkerson M. D.; Williams A.; Wilmott J. S.; Wilson G. W.; Wilson J. M.; Wilson R. K.; Winterhoff B.; Wintersinger J. A.; Wiznerowicz M.; Wolf S.; Wong B. H.; Wong T.; Wong W.; Woo Y.; Wood S.; Wouters B. G.; Wright A. J.; Wright D. W.; Wright M. H.; Wu C. -L.; Wu D. -Y.; Wu G.; Wu J.; Wu Y.; Wu Z.; Xi L.; Xia T.; Xiao X.; Xing R.; Xu Q.; Xu Y.; Xue H.; Yachida S.; Yamaguchi R.; Yamaguchi T. N.; Yamamoto M.; Yamamoto S.; Yamaue H.; Yang F.; Yang J. Y.; Yang S.; Yang T. -P.; Yang Y.; Yaspo M. -L.; Yates L.; Yau C.; Ye K.; Yellapantula V. D.; Yoon C. J.; Yousif F.; Yu J.; Yu K.; Yu W.; Yu Y.; Yuan K.; Yuan Y.; Yuen D.; Zaikova O.; Zapatka M.; Zenklusen J. C.; Zenz T.; Zeps N.; Zhang H.; Zhao Z.; Zheng X.; Zhou W.; Zhou Y.; Zhu B.; Zhu H.; Zou L.; Zou X.; deFazio A.; van As N.; van Deurzen C. H. M.; van de Vijver M. J.; van't Veer L.; von Mering C.
Contributors:	Zhang, Y.; Chen, F.; Fonseca, N. A.; He, Y.; Fujita, M.; Nakagawa, H.; Zhang, Z.; Brazma, A.; Amin, S. B.; Awadalla, P.; Bailey, P. J.; Brooks, A. N.; Calabrese, C.; Chateigner, A.; Cortes-Ciriano, I.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C. J.; Davidson, N. R.; Demircioglu, D.; Erkek, S.; Frenkel-Morgenstern, M.; Goldman, M. J.; Greger, L.; Goke, J.; Hoadley, K. A.; Hou, Y.; Huska, M. R.; Kahles, A.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Korbel, J. O.; Lamaze, F. C.; Lehmann, K. -V.; Li, C.; Li, S.; Li, X.; Liu, D.; Liu, F.; Liu, X.; Marin, M. G.; Markowski, J.; Meyerson, M.; Nandi, T.; Nielsen, M. M.; Ojesina, A. I.; Ouellette, B. F. F.; Pan-Hammarstrom, Q.; Park, P. J.; Pedamallu, C. S.; Pedersen, J. S.; Perry, M. D.; Ratsch, G.; Schwarz, R. F.; Shiraishi, Y.; Siebert, R.; Soulette, C. M.; Stark, S. G.; Stegle, O.; Su, H.; Tan, P.; Teh, B. T.; Urban, L.; Wang, J.; Waszak, S. M.; Wu, K.; Xiang, Q.; Xiong, H.; Yakneen, S.; Yang, H.; Ye, C.; Yung, C. K.; Zhang, F.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zheng, L.; Zhu, J.; Zhu, S.; Akdemir, K. C.; Alvarez, E. G.; Baez-Ortega, A.; Beroukhim, R.; Boutros, P. C.; Bowtell, D. D. L.; Brors, B.; Burns, K. H.; Campbell, P. J.; Chan, K.; Chen, K.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A. J.; Edwards, P. A.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.
Publisher Information:	Nature Research
Publication Year:	2020
Collection:	Padua Research Archive (IRIS - Università degli Studi di Padova)
Description:	The impact of somatic structural variants (SVs) on gene expression in cancer is largely unknown. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole-genome sequencing data and RNA sequencing from a common set of 1220 cancer cases, we report hundreds of genes for which the presence within 100 kb of an SV breakpoint associates with altered expression. For the majority of these genes, expression increases rather than decreases with corresponding breakpoint events. Up-regulated cancer-associated genes impacted by this phenomenon include TERT, MDM2, CDK4, ERBB2, CD274, PDCD1LG2, and IGF2. TERT-associated breakpoints involve ~3% of cases, most frequently in liver biliary, melanoma, sarcoma, stomach, and kidney cancers. SVs associated with up-regulation of PD1 and PDL1 genes involve ~1% of non-amplified cases. For many genes, SVs are significantly associated with increased numbers or greater proximity of enhancer regulatory elements near the gene. DNA methylation near the promoter is often increased with nearby SV breakpoint, which may involve inactivation of repressor elements.
Document Type:	article in journal/newspaper
Language:	English
Relation:	info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000513499700018; volume:11; issue:1; journal:NATURE COMMUNICATIONS; https://hdl.handle.net/11577/3504559
DOI:	10.1038/s41467-019-13885-w
Availability:	https://hdl.handle.net/11577/3504559; https://doi.org/10.1038/s41467-019-13885-w
Rights:	info:eu-repo/semantics/openAccess ; license:Creative commons ; license uri:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Accession Number:	edsbas.DEDC3151
Database:	BASE