| Title: |
Genetic associations at 53 loci highlight cell types and biological pathways relevant for kidney function. |
| Authors: |
ICBP Consortium; AGEN Consortium; CHARGe-Heart Failure Group; ECHOGen Consortium; CARDIOGRAM; Abecasis, GR.; Adair, LS.; Alexander, M.; Altshuler, D.; Amin, N.; Arking, DE.; Arora, P.; Aulchenko, Y.; Bakker, SJ.; Bandinelli, S.; Barroso, I.; Beckmann, JS.; Beilby, JP.; Bergman, RN.; Bergmann, S.; Bis, JC.; Boehnke, M.; Bonnycastle, LL.; Bornstein, SR.; Bots, ML.; Bragg-Gresham, JL.; Brand, SM.; Brand, E.; Braund, PS.; Brown, MJ.; Burton, PR.; Casas, JP.; Caulfield, MJ.; Chakravarti, A.; Chambers, JC.; Chandak, GR.; Chang, YP.; Charchar, FJ.; Chaturvedi, N.; Shin Cho, Y.; Clarke, R.; Collins, FS.; Collins, R.; Connell, JM.; Cooper, JA.; Cooper, MN.; Cooper, RS.; Corsi, AM.; Dörr, M.; Dahgam, S.; Danesh, J.; Davey Smith, G.; Day, IN.; Deloukas, P.; Denniff, M.; Dominiczak, AF.; Dong, Y.; Doumatey, A.; Elliott, P.; Elosua, R.; Erdmann, J.; Eyheramendy, S.; Farrall, M.; Fava, C.; Forrester, T.; Fowkes, FG.; Fox, ER.; Frayling, TM.; Galan, P.; Ganesh, SK.; Garcia, M.; Gaunt, TR.; Glazer, NL.; Go, MJ.; Goel, A.; Grässler, J.; Grobbee, DE.; Groop, L.; Guarrera, S.; Guo, X.; Hadley, D.; Hamsten, A.; Han, BG.; Hardy, R.; Hartikainen, AL.; Heath, S.; Heckbert, SR.; Hedblad, B.; Hercberg, S.; Hernandez, D.; Hicks, AA.; Hilton, G.; Hingorani, AD.; Bolton, JA.; Hopewell, JC.; Howard, P.; Humphries, SE.; Hunt, SC.; Hveem, K.; Ikram, MA.; Islam, M.; Iwai, N.; Jarvelin, MR.; Jackson, AU.; Jafar, TH.; Janipalli, CS.; Johnson, T.; Kathiresan, S.; Khaw, KT.; Kim, HL.; Kinra, S.; Kita, Y.; Kivimaki, M.; Kooner, JS.; Kumar, MJ.; Kuh, D.; Kulkarni, SR.; Kumari, M.; Kuusisto, J.; Kuznetsova, T.; Laakso, M.; Laan, M.; Laitinen, J.; Lakatta, EG.; Langefeld, CD.; Larson, MG.; Lathrop, M.; Lawlor, DA.; Lawrence, RW.; Lee, JY.; Lee, NR.; Levy, D.; Li, Y.; Longstreth, WT.; Luan£££Jian'an£££ J.; Lucas, G.; Ludwig, B.; Mangino, M.; Mani, KR.; Marmot, MG.; Mattace-Raso, FU.; Matullo, G.; McArdle, WL.; McKenzie, CA.; Meitinger, T.; Melander, O.; Meneton, P.; Meschia, JF.; Miki, T.; Milaneschi, Y.; Mohlke, KL.; Mooser, V.; Morken, MA.; Morris, RW.; Mosley, TH.; Najjar, S.; Narisu, N.; Newton-Cheh, C.; Nguyen, KD.; Nilsson, P.; Nyberg, F.; O'Donnell, CJ.; Ogihara, T.; Ohkubo, T.; Okamura, T.; Ong, RT.; Ongen, H.; Onland-Moret, NC.; O'Reilly, PF.; Org, E.; Orru, M.; Palmas, W.; Palmen, J.; Palmer, LJ.; Palmer, ND.; Parker, AN.; Peden, JF.; Peltonen, L.; Perola, M.; Pihur, V.; Platou, CG.; Plump, A.; Prabhakaran, D.; Psaty, BM.; Raffel, LJ.; Rao, DC.; Rasheed, A.; Ricceri, F.; Rice, KM.; Rosengren, A.; Rotter, JI.; Rudock, ME.; Sõber, S.; Salako, T.; Saleheen, D.; Salomaa, V.; Samani, NJ.; Schwartz, SM.; Schwarz, PE.; Scott, LJ.; Scott, J.; Scuteri, A.; Sehmi, JS.; Seielstad, M.; Seshadri, S.; Sharma, P.; Shaw-Hawkins, S.; Shi, G.; Shrine, NR.; Sijbrands, EJ.; Sim, X.; Singleton, A.; Sjögren, M.; Smith, NL.; Soler Artigas, M.; Spector, TD.; Staessen, JA.; Stancakova, A.; Steinle, NI.; Strachan, DP.; Stringham, HM.; Sun, YV.; Swift, AJ.; Tabara, Y.; Tai, ES.; Talmud, PJ.; Taylor, A.; Terzic, J.; Thelle, DS.; Tobin, MD.; Tomaszewski, M.; Tripathy, V.; Tuomilehto, J.; Tzoulaki, I.; Uda, M.; Ueshima, H.; Uiterwaal, CS.; Umemura, S.; van der Harst, P.; van der Schouw YT.; van Gilst WH.; Vartiainen, E.; Vasan, RS.; Veldre, G.; Verwoert, GC.; Viigimaa, M.; Vinay, DG.; Vineis, P.; Voight, BF.; Vollenweider, P.; Wagenknecht, LE.; Wain, LV.; Wang, X.; Wang, TJ.; Wareham, NJ.; Watkins, H.; Weder, AB.; Whincup, PH.; Wiggins, KL.; Witteman, JC.; Wong, A.; Wu, Y.; Yajnik, CS.; Yao, J.; Young, JH.; Zelenika, D.; Zhai, G.; Zhang, W.; Zhang, F.; Zhao, JH.; Zhu, H.; Zhu, X.; Zitting, P.; Zukowska-Szczechowska, E.; Okada, Y.; Wu, JY.; Gu, D.; Takeuchi, F.; Takahashi, A.; Maeda, S.; Tsunoda, T.; Chen, P.; Lim, SC.; Wong, TY.; Liu, J.; Young, TL.; Aung, T.; Teo, YY.; Kim, YJ.; Kang, D.; Chen, CH.; Tsai, FJ.; Chang, LC.; Fann, SJ.; Mei, H.; Hixson, JE.; Chen, S.; Katsuya, T.; Isono, M.; Albrecht, E.; Yamamoto, K.; Kubo, M.; Nakamura, Y.; Kamatani, N.; Kato, N.; He, J.; Chen, YT.; Tanaka, T.; Reilly, MP.; Schunkert, H.; Assimes, TL.; Hall, A.; Hengstenberg, C.; König, IR.; Laaksonen, R.; McPherson, R.; Thompson, JR.; Thorsteinsdottir, U.; Ziegler, A.; Absher, D.; Chen, L.; Cupples, LA.; Halperin, E.; Li, M.; Musunuru, K.; Preuss, M.; Schillert, A.; Thorleifsson, G.; Wells, GA.; Holm, H.; Roberts, R.; Stewart, AF.; Fortmann, S.; Go, A.; Hlatky, M.; Iribarren, C.; Knowles, J.; Myers, R.; Quertermous, T.; Sidney, S.; Risch, N.; Tang, H.; Blankenberg, S.; Schnabel, R.; Sinning, C.; Lackner, KJ.; Tiret, L.; Nicaud, V.; Cambien, F.; Bickel, C.; Rupprecht, HJ.; Perret, C.; Proust, C.; Münzel, TF.; Barbalic, M.; Chen, IY.; Demissie-Banjaw, S.; Folsom, A.; Lumley, T.; Marciante, K.; Taylor, KD.; Volcik, K.; Gretarsdottir, S.; Gulcher, JR.; Kong, A.; Stefansson, K.; Thorgeirsson, G.; Andersen, K.; Fischer, M.; Grosshennig, A.; Linsel-Nitschke, P.; Stark, K.; Schreiber, S.; Aherrahrou, Z.; Bruse, P.; Doering, A.; Klopp, N.; Diemert, P.; Loley, C.; Medack, A.; Nahrstedt, J.; Peters, A.; Wagner, AK.; Willenborg, C.; Böhm, BO.; Dobnig, H.; Grammer, TB.; Hoffmann, MM.; Meinitzer, A.; Winkelmann, BR.; Pilz, S.; Renner, W.; Scharnagl, H.; Stojakovic, T.; Tomaschitz, A.; Winkler, K.; Guiducci, C.; Burtt, N.; Gabriel, SB.; Dandona, S.; Jarinova, O.; Qu, L.; Wilensky, R.; Matthai, W.; Hakonarson, HH.; Devaney, J.; Burnett, MS.; Pichard, AD.; Kent, KM.; Satler, L.; Lindsay, JM.; Waksman, R.; Knouff, CW.; Waterworth, DM.; Walker, MC.; Epstein, SE.; Rader, DJ.; Nelson, CP.; Wright, BJ.; Balmforth, AJ.; Ball, SG.; Loehr, LR.; Rosamond, WD.; Benjamin, E.; Haritunians, T.; Couper, D.; Murabito, J.; Wang, YA.; Stricker, BH.; Chang, PP.; Willerson, JT.; Felix, SB.; Watzinger, N.; Aragam, J.; Zweiker, R.; Lind, L.; Rodeheffer, RJ.; Greiser, KH.; Deckers, JW.; Stritzke, J.; Ingelsson, E.; Kullo, I.; Haerting, J.; Reffelmann, T.; Redfield, MM.; Werdan, K.; Mitchell, GF.; Arnett, DK.; Gottdiener, JS.; Blettner, M.; Friedrich, N.; Pattaro, C.; Teumer, A.; Gorski, M.; Chu, A.Y.; Mijatovic, V.; Garnaas, M.; Tin, A.; Sorice, R.; Taliun, D.; Olden, M.; Foster, M.; Yang, Q.; Chen, M.H.; Pers, T.H.; Johnson, A.D.; Ko, Y.A.; Fuchsberger, C.; Tayo, B.; Nalls, M.; Feitosa, M.F.; Isaacs, A.; Dehghan, A.; d'Adamo, P.; Adeyemo, A.; Dieffenbach, A.K.; Zonderman, A.B.; Nolte, I.M.; van der Most, P.J.; Wright, A.F.; Shuldiner, A.R.; Morrison, A.C.; Hofman, A.; Smith, A.V.; Dreisbach, A.W.; Franke, A.; Uitterlinden, A.G.; Metspalu, A.; Tonjes, A.; Lupo, A.; Robino, A.; Johansson, Å.; Demirkan, A.; Kollerits, B.; Freedman, B.I.; Ponte, B.; Oostra, B.A.; Paulweber, B.; Krämer, B.K.; Mitchell, B.D.; Buckley, B.M.; Peralta, C.A.; Hayward, C.; Helmer, C.; Rotimi, C.N.; Shaffer, C.M.; Müller, C.; Sala, C.; van Duijn, C.M.; Saint-Pierre, A.; Ackermann, D.; Shriner, D.; Ruggiero, D.; Toniolo, D.; Lu, Y.; Cusi, D.; Czamara, D.; Ellinghaus, D.; Siscovick, D.S.; Ruderfer, D.; Gieger, C.; Grallert, H.; Rochtchina, E.; Atkinson, E.J.; Holliday, E.G.; Boerwinkle, E.; Salvi, E.; Bottinger, E.P.; Murgia, F.; Rivadeneira, F.; Ernst, F.; Kronenberg, F.; Hu, F.B.; Navis, G.J.; Curhan, G.C.; Ehret, G.B.; Homuth, G.; Coassin, S.; Thun, G.A.; Pistis, G.; Gambaro, G.; Malerba, G.; Montgomery, G.W.; Eiriksdottir, G.; Jacobs, G.; Li, G.; Wichmann, H.E.; Campbell, H.; Schmidt, H.; Wallaschofski, H.; Völzke, H.; Brenner, H.; Kroemer, H.K.; Kramer, H.; Lin, H.; Leach, I.M.; Ford, I.; Guessous, I.; Rudan, I.; Prokopenko, I.; Borecki, I.; Heid, I.M.; Kolcic, I.; Persico, I.; Jukema, J.W.; Wilson, J.F.; Felix, J.F.; Divers, J.; Lambert, J.C.; Stafford, J.M.; Gaspoz, J.M.; Smith, J.A.; Faul, J.D.; Wang, J.J.; Ding, J.; Hirschhorn, J.N.; Attia, J.; Whitfield, J.B.; Chalmers, J.; Viikari, J.; Coresh, J.; Denny, J.C.; Karjalainen, J.; Fernandes, J.K.; Endlich, K.; Butterbach, K.; Keene, K.L.; Lohman, K.; Portas, L.; Launer, L.J.; Lyytikäinen, L.P.; Yengo, L.; Franke, L.; Ferrucci, L.; Rose, L.M.; Kedenko, L.; Rao, M.; Struchalin, M.; Kleber, M.E.; Cavalieri, M.; Haun, M.; Cornelis, M.C.; Ciullo, M.; Pirastu, M.; de Andrade, M.; McEvoy, M.A.; Woodward, M.; Adam, M.; Cocca, M.; Nauck, M.; Imboden, M.; Waldenberger, M.; Pruijm, M.; Metzger, M.; Stumvoll, M.; Evans, M.K.; Sale, M.M.; Kähönen, M.; Boban, M.; Bochud, M.; Rheinberger, M.; Verweij, N.; Bouatia-Naji, N.; Martin, N.G.; Hastie, N.; Probst-Hensch, N.; Soranzo, N.; Devuyst, O.; Raitakari, O.; Gottesman, O.; Franco, O.H.; Polasek, O.; Gasparini, P.; Munroe, P.B.; Ridker, P.M.; Mitchell, P.; Muntner, P.; Meisinger, C.; Smit, J.H.; Kovacs, P.; Wild, P.S.; Froguel, P.; Rettig, R.; Mägi, R.; Biffar, R.; Schmidt, R.; Middelberg, R.P.; Carroll, R.J.; Penninx, B.W.; Scott, R.J.; Katz, R.; Sedaghat, S.; Wild, S.H.; Kardia, S.L.; Ulivi, S.; Hwang, S.J.; Enroth, S.; Kloiber, S.; Trompet, S.; Stengel, B.; Hancock, S.J.; Turner, S.T.; Rosas, S.E.; Stracke, S.; Harris, T.B.; Zeller, T.; Zemunik, T.; Lehtimäki, T.; Illig, T.; Aspelund, T.; Nikopensius, T.; Esko, T.; Gyllensten, U.; Völker, U.; Emilsson, V.; Vitart, V.; Aalto, V.; Gudnason, V.; Chouraki, V.; Chen, W.M.; Igl, W.; März, W.; Koenig, W.; Lieb, W.; Loos, R.J.; Liu, Y.; Snieder, H.; Pramstaller, P.P.; Parsa, A.; O'Connell, J.R.; Susztak, K.; Hamet, P.; Tremblay, J.; de Boer, I.H.; Böger, C.A.; Goessling, W.; Chasman, D.I.; Köttgen, A.; Kao, W.H.; Fox, C.S. |
| Source: |
Nature Communications710023 |
| Publisher Information: |
2016 |
| Document Type: |
Electronic Resource |
| Abstract: |
Reduced glomerular filtration rate defines chronic kidney disease and is associated with cardiovascular and all-cause mortality. We conducted a meta-analysis of genome-wide association studies for estimated glomerular filtration rate (eGFR), combining data across 133,413 individuals with replication in up to 42,166 individuals. We identify 24 new and confirm 29 previously identified loci. Of these 53 loci, 19 associate with eGFR among individuals with diabetes. Using bioinformatics, we show that identified genes at eGFR loci are enriched for expression in kidney tissues and in pathways relevant for kidney development and transmembrane transporter activity, kidney structure, and regulation of glucose metabolism. Chromatin state mapping and DNase I hypersensitivity analyses across adult tissues demonstrate preferential mapping of associated variants to regulatory regions in kidney but not extra-renal tissues. These findings suggest that genetic determinants of eGFR are mediated largely through direct effects within the kidney and highlight important cell types and biological pathways. |
| Index Terms: |
Gene Expression Regulation; Genetic Predisposition to Disease; Genome-Wide Association Study; Genotype; Humans; Renal Insufficiency, Chronic/genetics; info:eu-repo/semantics/article; article |
| URL: |
http://nbn-resolving.org/urn/resolver.pl?urn=urn:nbn:ch:serval-BIB_53B973F552486 |
| Availability: |
Open access content. Open access content; info:eu-repo/semantics/openAccess; Copying allowed only for non-profit organizations; https://serval.unil.ch/disclaimer |
| Note: |
application/pdf; English |
| Other Numbers: |
CHLSR oai:serval.unil.ch:BIB_53B973F55248; https://serval.unil.ch/notice/serval:BIB_53B973F55248; info:pmid:26831199; https://serval.unil.ch/resource/serval:BIB_53B973F55248.P001/REF; urn:nbn:ch:serval-BIB_53B973F552486; 1013538245 |
| Contributing Source: |
UNIV DE LAUSANNE-LETTRES,HIST,SCI RELG; From OAIster®, provided by the OCLC Cooperative. |
| Accession Number: |
edsoai.on1013538245 |
| Database: |
OAIster |